R语言 goProfiles包 expandedLevel()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

expandedLevel(goProfiles)
expandedLevel()所属R语言包：goProfiles

                                        Function to create expanded levels which can contain GO Terms at
                                         函数创建扩展的水平，它可以包含GO术语

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function, combined with function expandTerm, allows to create mixed levels which can contain terms belonging to different GO levels. Specifically one can take one (or several, but one by one) term at a given GO level and expand it into its children terms using function expandTerm and then combine them into a new level using this function.
这个功能，与函数expandTerm相结合，允许创建混合的水平，其中可以包含的条款，属于不同的GO水平。具体可以采取一个（或几个，但一个接一个）术语在一个给定的好水平，并扩大到其子女使用功能expandTerm，然后结合到一个新的水平，使用此功能。


用法----------Usage----------


expandedLevel(LevelTerms, Term2Expand, onto)
expandTerm(GOTerm, onto)



参数----------Arguments----------

参数：LevelTerms
Other terms which have not been expanded, and will be combined with the expanded ones
其他条款尚未扩大，将结合扩大


参数：Term2Expand
The GO term which will be substituted by its children terms
将取代其孩子方面的GO术语


参数：GOTerm
The GO term which will be substituted by its children terms
将取代其孩子方面的GO术语


参数：onto
The ontology ('MF','BP','CC'
本体（“中频”，“BP”，“CC”


值----------Value----------

The value returned is the vector combining the original terms with the children of the term that had to be expanded.
返回的值是向量，结合孩子们的任期，将扩大原有条款。


作者（S）----------Author(s)----------


Alex Sanchez



举例----------Examples----------


got<-toTable(GOTERM)[,2:3]
desc<-function(s) got[got[,1]==s,2]
MFLevel2<-getGOLevel("MF",2)
bindingLevel2<-MFLevel2 [2]
bindingLevel3 <- expandTerm(bindingLevel2,"MF")
print(descbindingLevel3<-as.matrix(sapply(bindingLevel3,desc )))
mixedLevel<-c(MFLevel2[-2],bindingLevel3)
print(mixedLevel<-as.matrix(sapply(mixedLevel,desc )))

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