R语言 goProfiles包 equivSummary()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

equivSummary(goProfiles)
equivSummary()所属R语言包：goProfiles

                                        This function returns a brief summary of the equivalence test between two profiles.
                                         这个函数返回一个简要的两个剖面之间的等价测试。

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Function to return a brief summary of the equivalence test between two profiles. If In its current version it is better that equivalentGOProfiles is called with option
函数返回的两个剖面之间的等价测试的简要。如果在其目前的版本，它更好的是，equivalentGOProfiles选项称为


用法----------Usage----------


equivSummary(l, decs = 6)



参数----------Arguments----------

参数：l
A list of comparison results as returned by a call to compareGenelists
比较结果列表，通过调用返回compareGenelists


参数：decs
Number of decimal places to use in the output
在输出中使用的小数位数


值----------Value----------

A data frame with the summarized results of each comparison. The values contained are: Sqr.Eucl.Dist: The squared euclidean distance,  Standard Err: The standard error estimate, pValue p value of the equivalence test,  up conf.intUpper value for the desired condfidence interval. d0Threshold value for equivalence test. Equivalent?Numerical value set to 1 if profiles can be considered equivalent and to zero if they cannot.
与每个比较结果汇总的数据框。中包含的值是：Sqr.Eucl.Dist：欧氏距离平方，Standard Err：标准的错误估计，pValuep的等价测试的价值，up conf.int上值所需的condfidence间隔。 d0阈值等效性试验。 Equivalent?数值设置为1，如果配置文件可以被视为等同，如果他们不能为零。


作者（S）----------Author(s)----------


Alex Sanchez



参见----------See Also----------

'equivalentGOProfiles'
“equivalentGOProfiles”


举例----------Examples----------


# data(prostateIds)[数据（prostateIds）]
# expandedWelsh &lt;- expandedProfile(welsh01EntrezIDs[1:100], onto="MF",[expandedWelsh < -  expandedProfile（welsh01EntrezIDs [1:100]，将“MF”]
#                        level=2, orgPackage="org.Hs.eg.db")[= 2级，orgPackage =“org.Hs.eg.db”的）]
# expandedSingh &lt;- expandedProfile(singh01EntrezIDs[1:100], onto="MF",[expandedSingh < -  expandedProfile（singh01EntrezIDs [1:100]，将“MF”]
#                        level=2, orgPackage="org.Hs.eg.db")[= 2级，orgPackage =“org.Hs.eg.db”的）]
#commonGenes &lt;- intersect(welsh01EntrezIDs[1:100], singh01EntrezIDs[1:100])[commonGenes < - 相交（welsh01EntrezIDs [1:100]，singh01EntrezIDs [1:100]）]
#commonExpanded &lt;- expandedProfile(commonGenes, onto="MF", level=2, orgPackage="org.Hs.eg.db")[commonExpanded < -  expandedProfile（commonGenes，到“MF”，水平= 2，orgPackage =“org.Hs.eg.db”）]

# equivMF &lt;-equivalentGOProfiles (pn=expandedWelsh, [equivMF <equivalentGOProfiles（PN = expandedWelsh的，]
#                          qm  = expandedSingh, [QM = expandedSingh，]
#                          pqn0= commonExpanded)[pqn0 = commonExpanded）]
#print(equivSummary(equivMF, decs=5))[打印（equivSummary（equivMF，DECS = 5））]

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