createGODAG(GOFunction)
createGODAG()所属R语言包:GOFunction
Creation of GO DAG stucture for statistically significant GO terms
统计显着的GO术语创造的好DAG的stucture
译者:生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
To plot the relationship between statistically significant GO terms, this function creates a GO DAG structure for these terms.
绘制统计学意义的GO术语之间的关系,这个函数创建了一个好这些条款的DAG结构。
参数----------Arguments----------
参数:sigNodes
sigNodes is the statistically significant GO terms found by "enrichmentFunction" function.
sigNodes是统计学意义的GO发现“enrichmentFunction”功能的条款。
参数:ontology
The default ontology is "BP" (Biological Process). The "CC" (Cellular Component) and "MF" (Molecular Function) ontologies can also be used.
默认ontology是“BP”(生物处理)。也可以用“CC”(蜂窝式元器件)及“MF”(分子功能)本体。
值----------Value----------
This function returns a object of 'graphNEL' class.
这个函数返回一个对象的graphNEL类。
注意----------Note----------
This function simulates the related program in TopGO (Alexa, A. et al. (2006) Improved scoring of functional groups from gene expression data by decorrelating GO graph structure. Bioinformatics, 22, 1600-1607).
此功能模拟在TopGO的相关程序(网站,答等。(2006)改进的解相关好图结构从基因表达数据的功能组别的得分。生物信息学,22岁,1600年至1607年)。
作者(S)----------Author(s)----------
Jing Wang
参见----------See Also----------
GOFunction enrichmentFunction
GOFunctionenrichmentFunction
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注:
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