sampleplot(globaltest)
sampleplot()所属R语言包：globaltest
Sample Plot for Global Test (Deprecated)
样地为全球测试（已过时）
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Produces a plot to show the influence of individual
产生一个图，展现个人的影响
用法----------Usage----------
参数----------Arguments----------
参数：gt
The output of a call to globaltest.
输出调用globaltest的。
参数：geneset
The name or number of the geneset to be plotted (only necessary if multiple genesets were tested).
名称或geneset的数量要绘制（只有必要的，如果多个genesets被测试）。
参数：samplesubset
A vector of names or numbers of samples to be plotted. Default: plot all samples
一个样品的名称或数字的向量绘制。图默认：所有样品
参数：scale
Logical: should the bars be scaled to unit standard deviation?
逻辑：条形缩放单位标准差？
参数：drawlabels
Logical value to control drawing of the samplenames on the x-axis of the plot.
的逻辑值控制图x轴samplenames的绘图。
参数：labelsize
Relative size of the labels on the x-axis. If it is NULL , the current value for par("cex.axis") is used
x轴标签的相对大小。如果是NULL，par("cex.axis")的电流值使用
参数：plot
If FALSE: does not plot, but only returns a gt.barplot object.
如果FALSE：没有图，但只返回一个gt.barplot对象。
参数：addlegend
If FALSE: does not add a legend to the plot or to the gt.barplot object.
如果FALSE：不添加一个传奇的图或gt.barplot对象。
参数：...
Any extra arguments will be forwarded to the plotting function. </table>
任何额外的参数将被转发到绘图功能。 </ TABLE>
Details
详情----------Details----------
The sampleplot shows a bar and a reference line for each sample. The bar shows the influence of each gene on the test statistic. Samples with a positive influence carry evidence against the null hypothesis (in favour of a significant p-value), because they are are similar in expression profile to samples with a similar clinical outcome. Samples with a negative influence bar supply evidence in favour of the null hypothesis and of a non-significant p-value: they are relatively similar in expression profile to samples with a different clinical outcome.
该sampleplot表明一个条形和每个样品的参考线。该栏显示每一个基因的检验统计量的影响。产生积极的影响样品进行对空假说（赞成一个显着的p值）的证据，因为它们是类似的表达谱样品具有相似的临床结果的。赞成零假设和非显着的p值与负面影响条形提供证据的样本：他们是在表达谱比较相似，不同的临床结果的样品。
The influence varies around zero if the tested geneset is not associated with the outcome. Marks on the bars show the standarddeviation of the influence under the null hypothesis for those samples which are more than one standard deviation away from zero.
影响不同，如果测试geneset没有相关结果在零附近。条形的标志表明这些样本是超过一个标准差，离零的零假设下影响standarddeviation。
The color of the bar indicates the sign of the residual of Y. In a logistic model the coloring this distinguishes the original groups.
条形的颜色表示Y的残留在Logistic模型，着色区分原始群体的符号。
The bottom margin is adjusted to allow enough space for the longest
最长的底部边缘进行调整，以允许足够的空间
值----------Value----------
An object of type gt.barplot.
一个对象的类型gt.barplot。
注意----------Note----------
sampleplot has been deprecated. Please use subjects instead.
sampleplot已被弃用。请使用subjects代替。
作者（S）----------Author(s)----------
Jelle Goeman: <a href="mailto:j.j.goeman@lumc.nl">j.j.goeman@lumc.nl</a>; Jan Oosting
参见----------See Also----------
globaltest, geneplot,
globaltest，geneplot
举例----------Examples----------
# Breast cancer data (ExpressionSet) from the Netherlands Cancer[从荷兰癌症乳腺癌数据（ExpressionSet）]
# Institute with annotation:[研究所与注释：]
data(vandeVijver)
data(annotation.vandeVijver)
gt <- globaltest(vandeVijver, "StGallen", annotation.vandeVijver)
if (interactive()){
sampleplot(gt[1])
}
sp <- sampleplot(gt[1], plot = FALSE)
if (interactive()){
plot(sort(sp))
}
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发表于 2012-2-25 20:45:41
