R语言 GLAD包 plotProfile()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

plotProfile(GLAD)
plotProfile()所属R语言包：GLAD

                                        Plot genomic profile and cytogenetic banding
                                         图基因组的文件和遗传学带

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Plot genomic profile with breakpoints, outliers, smoothing line and cytogenetic banding.
图断点基因组剖面，离群，平滑线和遗传学带。


用法----------Usage----------



## S3 method for class 'profileCGH'
plotProfile(profileCGH, variable="LogRatio", Chromosome=NULL,
                       Smoothing=NULL, GNL="ZoneGNL", Bkp=FALSE,
                       labels=TRUE, plotband=TRUE, unit=0,
                       colDAGLAD=c("black","blue","red","green","yellow"),
                       pchSymbol=c(20,13),
                       colCytoBand=c("white","darkblue"),
                       colCentro="red", text=NULL, cytoband = NULL, main="", ylim=NULL, ...)







参数----------Arguments----------

参数：profileCGH
Object of class profileCGH
对象类profileCGH


参数：variable
The variable to be plot.
变量是图。


参数：Chromosome
A numeric vector with chromosome number to be plotted. Use 23 and 24 for chromosome X and Y respectively. If NULL, all the genome is plotted.
与染色体数目的数字矢量绘制。使用X染色体和Y分别为23和24。如果NULL，绘制基因组。


参数：Smoothing
The variable used to plot the smoothing line. If NULL, nothing is plotted.
变量用于绘制平滑线。如果NULL，没有绘制。


参数：GNL
The variable used to plot the Gain, Normal and Loss color code.
该变量用于绘制增益，正常和亏损的颜色代码。


参数：Bkp
If TRUE, the breakpoints are represented by a vertical red dashed line.
如果TRUE，断点由一个垂直的红色虚线代表。


参数：labels
If TRUE, the labels of the cytogenetic banding are written.
如果TRUE，遗传学标签绑扎写入。


参数：plotband
If TRUE, the cytogenetic banding are plotted.
如果TRUE，单元遗传学绑扎绘制。


参数：unit
Give the unit of the PosBase. For example if unit=3, PosBase are in Kb, if unit=6, PosBase are in Mb, ...
给予的PosBase单位。例如，如果unit=3，PosBase是KB，如果unit=6，PosBase是MB，...


参数：colDAGLAD
Color code to plot Deletion, Amplification, Gain, Lost and Normal status.
图删除，放大，增益，丢失和正常状态的颜色代码。


参数：pchSymbol
A vector of two elements to specify the symbol tu be used for plotting point. pchSymbol[2] is the symbol for outliers.
一个两个元素的向量，到指定的符号涂可用于绘制点。 pchSymbol [2]是离群的象征。


参数：colCytoBand
Color code for cytogenetic banding.
带颜色代码为单元遗传学。


参数：colCentro
Color code for centromere.
着丝粒的颜色代码。


参数：text
A list with the parameters to be passed to the function text.
要传递给函数text参数列表。


参数：cytoband
cytodand data. For human, cytoband data are avaibale using data(cytoband).
cytodand数据。对于人，cytoband数据使用数据avaibale（cytoband）。


参数：main
title of the plot.
图的标题。


参数：ylim
range of the y-axis
y轴的范围


参数：...
...
...


Details

详情----------Details----------

" "
“”


值----------Value----------

A plot
图


注意----------Note----------

People interested in tools dealing with array CGH analysis can
在处理与阵列比较基因组杂交分析工具有兴趣的人可以


作者（S）----------Author(s)----------


Philippe Hup