R语言 GGtools包 gwSnpTests()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

gwSnpTests(GGtools)
gwSnpTests()所属R语言包：GGtools

                                        methods for iterating association tests (expression vs SNP)
                                         迭代协会测试（表达对SNP的方法）

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

methods for iterating association tests (expression vs SNP)
迭代协会测试（表达对SNP的方法）


用法----------Usage----------


gwSnpTests(sym, sms, cnum, cs, ...)



参数----------Arguments----------

参数：sym
genesym, probeId, or formula instance
genesym，probeId，或公式实例


参数：sms
smlSet instance
smlSet实例


参数：cnum
chrnum instance or missing
chrnum实例或失踪


参数：cs
chunksize specification  
块大小规格


参数：...
...
...


Details

详情----------Details----------

invokes snpStats package test procedures  (e.g., snp.rhs.tests as appropriate
调用snpStats封装测试程序（例如，snp.rhs.tests适当

chunksize can be specified to divide task up into chunks of chromosomes; gc() will be run between each chunk – this may lead to some benefits when memory capacity is exceeded
chunksize可以指定任务分成大块染色体;gc()将每块之间运行 - 这可能会导致一些好处超过内存容量时，

The dependent variable in the formula can have class genesym (chip annotation package used for lookup), probeId (direct specification using chip annotation vocabulary), or phenoVar (here we use a phenoData variable as dependent variable). If you want to put expression values on the right-hand side of the model, add them to the phenoData and enter them in the formula.
公式中的因变量（查找中使用的芯片注解包类genesym），probeId（直接使用芯片的注释词汇规范），或phenoVar（这里我们使用1 phenoData变量作为因变量）。如果你想放在模型的右侧表达式的值，将它们添加到phenoData输入公式。


值----------Value----------

gwSnpScreenResult-class or  cwSnpScreenResult-class instance
gwSnpScreenResult-class或cwSnpScreenResult-class实例


作者（S）----------Author(s)----------


Vince Carey <stvjc@channing.harvard.edu>



举例----------Examples----------


if (!exists("hmceuB36.2021")) hmceuB36.2021 <- getSS("GGtools", c("20", "21"))
# condense to founders only[仅凝结创始人]
hmFou = hmceuB36.2021[, which(hmceuB36.2021$isFounder)]
# show basic formula fit[显示基本公式拟合]
f1 = gwSnpTests(genesym("CPNE1")~male, hmFou, chrnum(20))
f1
#The following code will create a view of the UCSC[下面的代码将创建一个加州大学圣克鲁兹分校的看法]
#genome browser:[基因组浏览器：]
#if (interactive()) {[（互动式（））{]
#library(rtracklayer)[库（rtracklayer）]
#f1d = as(f1, "RangedData")[f1d =（F1，“RangedData”）。]
#s1 = browserSession("UCSC")[S1 = browserSession（“加州大学圣克鲁兹分校”），]
#s1[["CPNE1"]] = f1d[S1 [[“CPNE1”]] = f1d]
#v1 = browserView(s1, GenomicRanges(30e6, 40e6, "chr20"), full="CPNE1")[V1 = browserView（，GenomicRanges S1（40e6，30e6，“chr20”），充分=“CPNE1”）]
#}[}]
# R-based visualization[基于R  - 可视化]
#plot(f1) -- no longer supported, need to supply location data -- consider eqtlTests/manhPlot[图（F1） - 不再支持，需要提供位置数据 - 考虑eqtlTests / manhPlot]
# show how to avoid adjusted fit[如何避免调整合适]
f1b = gwSnpTests(genesym("CPNE1")~1-1, hmFou, chrnum(20))
# now use a phenoVar[现在使用1 phenoVar，]
f3b = gwSnpTests(phenoVar("persid")~male, hmFou, chrnum(20))
topSnps(f3b)
## Not run: [＃无法运行：]
# in example() we run into a problem with sys.call(2); works[例如（）在我们运行到与sys.call（2）中存在的问题;工作]
# in interpreter[在解释]
f4 = gwSnpTests(gs1~male, hmFou, snpdepth(250), chunksize(1))
f4
#[]
  
## End(Not run)[＃结束（不运行）]
# illustrate alternate approach to expression feature enumeration[说明另一种方法来表达功能枚举]
#[]
## Not run:   # nice but out of scope[＃无法运行：＃不错，但范围]
data(smlSet.example)
esml = as(smlSet.example, "ExpressionSet")
library(genefilter)
annotation(esml) = "illuminaHumanv1" # drop .db[下降。DB]
library(illuminaHumanv1.db)
fesml = nsFilter(esml)[[1]] # unique entrez ids + other filters[独特的Entrez的IDS +其它过滤器]
fn = featureNames(fesml)
eids = unlist(mget(fn, illuminaHumanv1ENTREZID))
featureNames(fesml) = as.character(eids)
fesml = make_smlSet( fesml, smList(smlSet.example) )
# now we have an smlSet with Entrez ID featureNames[现在我们有了一个与Entrez的编号featureNames smlSet]
annotation(fesml) = "org.Hs.eg"
mygs = GeneSet(c("ZNF253", "MRS2"), geneIdType = SymbolIdentifier())
geneIdType(mygs) = AnnotationIdentifier("org.Hs.eg")
tt = gwSnpTests(mygs~male, fesml)
lapply(tt, topSnps)

## End(Not run)[＃结束（不运行）]

转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。


注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。