R语言 GGtools包 clipPCs()函数中文帮助文档(中英文对照)

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clipPCs(GGtools)
clipPCs()所属R语言包：GGtools

                                         simple approach to removal of principal components from smlSet
                                         简单的方法来清除主要成分从smlSet

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

simple approach to removal of principal components from smlSet
简单的方法来清除主要成分从smlSet


用法----------Usage----------


clipPCs(smlSet, inds2drop, center=TRUE)



参数----------Arguments----------

参数：smlSet
instance of smlSet-class  
实例smlSet-class


参数：inds2drop
numeric vector of PCs to be eliminated  
被淘汰的电脑数字矢量


参数：center
logical passed to prcomp.
逻辑传递到prcomp。


Details

详情----------Details----------

uses SVD and zeroes out selected eigenvalues before reassembly
使用SVD和零出选定的特征值前重组


值----------Value----------

an smlSet instance with transformed expression data     
smlSet转化表达数据实例


举例----------Examples----------


if (.Platform$OS.type != "windows") {  # our build system not removing folders...[我们的编译系统不删除文件夹...]
if (!exists("hmceuB36.2021")) hmceuB36.2021 <- getSS("GGtools", c("20", "21"))
library(illuminaHumanv1.db)
g20 = get("20", revmap(illuminaHumanv1CHR))
g20 = intersect(g20, featureNames(hmceuB36.2021))[1:25]
hmc = clipPCs(hmceuB36.2021, 1:4)
hmc = hmc[probeId(g20),]
pcs = prcomp(t(exprs(hmceuB36.2021)))$x
hmr = hmceuB36.2021[ probeId(g20), ]
pData(hmr) = data.frame(pData(hmr), pcs[,1:4])
hmc
# files persist on certain windows systems?[在某些Windows系统文件坚持？]
if (file.exists("clipdem")) try(system("rmdir clipdem"))
if (file.exists("clipfmla")) try(system("rmdir clipfmla"))
if (file.exists("clipfmlaNOPC")) try(system("rmdir clipfmlaNOPC"))
f1 = eqtlTests(hmc[chrnum("20"),], ~male, targdir="clipdem")
f2 = eqtlTests(hmr[chrnum("20"),], ~male+PC1+PC2+PC3+PC4, targdir="clipfmla")
f3 = eqtlTests(hmr[chrnum("20"),], ~male, targdir="clipfmlaNOPC")
system("rm -rf clipdem")
system("rm -rf clipfmla")
system("rm -rf clipfmlaNOPC")
}

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