geom_hotregion(ggbio)
geom_hotregion()所属R语言包:ggbio
Adding hotregion for stacked overview (genome-wide)
添加hotregion堆叠概述(全基因组)
译者:生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Adding hotregion which is a GRanges object for stacked
添加hotregion这是一个GRanges叠对象
用法----------Usage----------
参数----------Arguments----------
参数:data
A GRanges object, which you want to overlay on the stacked overview.
一个GRanges对象,你想上叠加堆放概述。
参数:...
Extra parameters passed to geom in ggplot2. e.g. aes(color = score)
额外的参数传递给GEOM在ggplot2。例如AES(颜色=比分)
Details
详情----------Details----------
The overplayed region may contain single position which is not
夸大区域可能包含单一的立场,这是不
值----------Value----------
A 'Layer'
A“层”
作者(S)----------Author(s)----------
Tengfei Yin
举例----------Examples----------
data(hg19IdeogramCyto)
library(GenomicRanges)
## make shorter and clean labels[#短和清洁的标签]
old.chrs <- seqnames(seqinfo(hg19IdeogramCyto))
new.chrs <- gsub("chr", "", old.chrs)
names(new.chrs) <- old.chrs
new.ideo <- renameSeqlevels(hg19IdeogramCyto, new.chrs)
p <- plotOverview(new.ideo, cytoband = FALSE)
data(darned_hg19_subset500)
## rename [#重命名]
new.darned <- renameSeqlevels(darned_hg19_subset500, new.chrs)
p <- p + geom_hotregion(new.darned)
print(p)
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