R语言 genoset包 initGenoSet()函数中文帮助文档(中英文对照)

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initGenoSet(genoset)
initGenoSet()所属R语言包：genoset

                                        Create a GenoSet or derivative object...
                                         创建一个GenoSet或衍生的对象...

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Create a GenoSet or derivative object
创建一个GenoSet或衍生的对象


用法----------Usage----------





参数----------Arguments----------

参数：type
character, the type of object (e.g. GenoSet, BAFSet, CNSet) to be created
字符，（如GenoSet，BAFSet，CNSet）要创建的对象类型


参数：locData
A RangedData object specifying feature chromosome locations. Rownames are required to match featureNames.
指定一个RangedData对象的功能，染色体位置。 rownames需要匹配featureNames。


参数：pData
A data frame with rownames matching all data matrices
一个数据框rownames匹配所有的数据矩阵


参数：annotation
character, string to specify chip/platform type
字符，字符串指定芯片/平台类型


参数：universe
character, a string to specify the genome universe for locData
字符，字符串，到指定为locData的基因组宇宙


参数：...
More matrix or DataFrame objects to include in assayData
更多矩阵或DataFrame的对象包括在assayData


Details

详情----------Details----------

This function is the preferred method for creating a new GenoSet object. Users are generally discouraged from calling "new" directly. The "..." argument is for any number of matrices of matching size that will become part of the assayData slot of the resulting object. This function passes control to the "genoSet" object which performs argument checking including dimname matching among relevant slots and sets everything to genome order. Genome order can be disrupted by "[" calls and will be checked by methods that
此功能是为创建新GenoSet对象的首选方法。用户一般都称“新”，直接从气馁。 “...”的说法是任何匹配大小的矩阵，这将成为生成的对象assayData槽的一部分。此功能通过控制的的“genoSet”执行参数检查的对象，包括各有关插槽dimname匹配一切基因顺序。基因组的顺序可以打乱了“[”检测将由检查方法


值----------Value----------

A GenoSet object or derivative as specified by "type" arg
“类型”参数指定一个GenoSet对象或衍生


作者（S）----------Author(s)----------


Peter M. Haverty



举例----------Examples----------


probe.names = letters[1:10]
gs = GenoSet(
locData=RangedData(ranges=IRanges(start=1:10,width=1,names=probe.names),space=c(rep("chr1",4),rep("chr3",2),rep("chrX",4)),universe="hg18"),
cn=matrix(31:60,nrow=10,ncol=3,dimnames=list(probe.names,test.sample.names)),
pData=data.frame(matrix(LETTERS[1:15],nrow=3,ncol=5,dimnames=list(test.sample.names,letters[1:5]))),
annotation="SNP6"

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