R语言 genoset包 baf2mbaf()函数中文帮助文档(中英文对照)

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baf2mbaf(genoset)
baf2mbaf()所属R语言包：genoset

                                        Calculate mBAF from BAF...
                                         从曝气生物滤池mBAF计算...

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Calculate mBAF from BAF
从燃油附加费计算mBAF


用法----------Usage----------





参数----------Arguments----------

参数：baf
numeric matrix of BAF values
数字矩阵的BAF值


参数：hom.cutoff
numeric, values above this cutoff to be made NA (considered HOM)
要的数字，截止高于此值NA（考虑磡）


参数：calls
matrix of NA, CT, AG, etc. genotypes to select HETs (in normals). Dimnames must match baf matrix.
矩阵钠，CT检查，公司等基因型来选择HETs（法线）。 dimnames必须符合：BAF矩阵。


参数：call.pairs
list, names represent target samples for HOMs to set to NA. Values represent columns in "calls" matrix.
列表，名称代表HOMS设置为NA的目标样本。值代表“呼叫”矩阵中的列。


Details

详情----------Details----------

Calculate Mirrored B-Allele Frequence (mBAF) from B-Allele Frequency (BAF) as in Staaf et al., Genome Biology, 2008.  BAF is converted to mBAF by folding around 0.5 so that is then between 0.5 and 1. HOM value are then made NA to leave only HET values that can be easily segmented. Values > hom.cutoff are made NA. Then, if genotypes (usually from a matched normal) are provided as the matrix 'calls' additional HOMs can be set to NA. The
计算的B等位基因频率（BAF）的镜像的B等位基因频率（mBAF）如在Staaf等。，基因组生物学，2008年。曝气生物滤池转换到mBAF约0.5折，所以这是0.5和1之间。戛值，然后NA离开仅海特值，可以很容易地分割。值> hom.cutoff不适用。然后，如果基因型（通常是从一个匹配的正常）提供额外HOMS矩阵“呼叫”可以设置为NA。 “


值----------Value----------

numeric matix of mBAF values
数字matix mBAF值


作者（S）----------Author(s)----------


Peter M. Haverty



举例----------Examples----------


mbaf = baf2mbaf( baf(baf.ds), hom.cutoff=0.9 )
calls = matrix(sample(c("AT","AA","CG","GC","AT","GG"),(nrow(baf.ds) * 2),replace=TRUE),ncol=2,dimnames=list(featureNames(baf.ds),c("K","L")))
mbaf = baf2mbaf( baf(baf.ds), hom.cutoff=0.9, calls = calls, call.pairs = list(K="L",L="L") ) # Sample L is matched normal for tumor sample K, M only uses hom.cutoff[样品L是正常的肿瘤样本ķ匹配，M只使用hom.cutoff]

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