R语言 Genominator包 mergeWithAnnotation()函数中文帮助文档(中英文对照)

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mergeWithAnnotation(Genominator)
mergeWithAnnotation()所属R语言包：Genominator

                                         Combine data with annotation
                                         结合数据与注释

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function creates a data frame containing the data and the corresponding annotation information for each data row included in the annotation.
这个函数创建一个数据框包含的数据和相应的注释中包含的每个数据行的注释信息。


用法----------Usage----------


mergeWithAnnotation(expData, annoData, what = "*",
  ignoreStrand = FALSE, splitBy = NULL, verbose = getOption("verbose"))



参数----------Arguments----------

参数：expData
An object of class ExpData.  
对象类ExpData。


参数：annoData
A data frame which must contain the columns chr, start, end and strand which specifies annotation regions of interest.   
一个数据框，其中必须包含列chr，start，end和strand指定利益注释区域。


参数：what
Which columns of expData to include.  
这expData包括列。


参数：ignoreStrand
Logical indicating whether strand should be ignored.  If TRUE, data from either strand that falls into an annotation region is included.  
逻辑表明链是否应该被忽略。如果TRUE，要么链到注释区域的数据。


参数：splitBy
Field on which merged data frame should be split before returning.  
场对合并后的数据框应该分开，然后返回。


参数：verbose
Logical indicating whether details should be printed.  
逻辑说明是否应印有细节。


Details

详情----------Details----------

Generally this function is good for creating a list of data split by some annotation feature, which can then be applied across.  
一般来说，这个功能是创造了一些注释的功能，这样就可以适用于整个分裂的数据列表。


值----------Value----------

If splitBy is NULL, returns a data frame containing the data from expData that fall into regions defined by annoData, and which includes the annotation information, with columns as specified by what.  If splitBy is non-NULL, returns a list of data frames with an element for each unique value of splitBy field.
如果splitBy是NULL返回的列的数据框包含到expData，其中包括注释的信息定义区域的从annoData那年秋天的数据，作为指定what。如果splitBy非NULL，返回元素的数据框的列表，每个splitBy领域的独特价值。


作者（S）----------Author(s)----------



James Bullard <a href="mailto:bullard@berkeley.edu">bullard@berkeley.edu</a>, Kasper Daniel
Hansen <a href="mailto:khansen@jhsph.edu">khansen@jhsph.edu</a>




参见----------See Also----------

See Genominator vignette for more information.
看到Genominator更多信息插曲。


举例----------Examples----------


ed <- ExpData(system.file(package = "Genominator", "sample.db"),
              tablename = "raw")
data("yeastAnno")
mergeWithAnnotation(ed, yeastAnno[1:5,])

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