R语言 Genominator包 getRegion()函数中文帮助文档(中英文对照)

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getRegion(Genominator)
getRegion()所属R语言包：Genominator

                                         Select a region from an ExpData object.
                                         选择区域从ExpData对象。

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function selects a subset of the data that falls into a particular contiguous genomic region.  
此功能选择到一个特定的连续的基因组区域内的数据的一个子集。


用法----------Usage----------


getRegion(expData, chr, start, end, strand, what = "*",
  whereClause = "", verbose = getOption("verbose"))



参数----------Arguments----------

参数：expData
An object of class ExpData.  
对象类ExpData。


参数：chr
Chromosome number of desired region.  
染色体数目的理想区域。


参数：start
Start position of desired region.  If omitted, it is set to 0.  
启动所需的区域位置。如果省略，它被设置为0。


参数：end
End position of desired region.  If omitted, it is set to 1e12.  
所需区域的结束位置。如果省略，它被设置为1E12。


参数：strand
Strand of desired region.  Values of 1 or -1 return data from forward or reverse strand.  A value of 0 or a missing argument returns data from any strand, including data with missing strand information.   
钢绞线的理想区域。值1或-1返回的数据，从正向或反向链。值为0或缺少参数传回包括失踪链信息的数据，从任何数据链。


参数：what
A vector of column names specifying which columns of the data should be returned.  Defaults to all columns.  
应该返回一个指定的列的数据的列名的向量。所有列的默认值。


参数：whereClause
Additional filtration criteria, customizable to refer to additional data columns.  See Details for more explanation.  
额外的过滤标准，定制是指额外的数据列。详情请参阅更多的解释。


参数：verbose
Logical indicating whether details should be printed.  
逻辑说明是否应印有细节。


Details

详情----------Details----------

The argument whereClause should be a string indicating a subset of the data to be selected, using SQL syntax.  For example, if you have a column called category, you could specify category = 1 to select only those data entries where category has a value of 1.  This function operates as a database query, and this
的说法whereClause应该是一个字符串，表示要选择一个子集的数据，使用SQL语法。例如，如果您有称为category列，你可以指定category = 1只选择那些数据项类别都有一个值为1。此功能作为一个数据库查询，这


值----------Value----------

Returns a data frame containing the data from the desired region, with the desired columns.
返回一个数据框包含的数据，从所需的区域，与所需的列。


作者（S）----------Author(s)----------



James Bullard <a href="mailto:bullard@berkeley.edu">bullard@berkeley.edu</a>, Kasper Daniel
Hansen <a href="mailto:khansen@jhsph.edu">khansen@jhsph.edu</a>




参见----------See Also----------

See Genominator vignette for more information.
看到Genominator更多信息插曲。


举例----------Examples----------


ed <- ExpData(system.file(package = "Genominator", "sample.db"),
              tablename = "raw")
c1 <- getRegion(ed, chr = 1)
dim(c1)
head(c1)

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注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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