R语言 Genominator包 addPrimingWeights()函数中文帮助文档(中英文对照)

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addPrimingWeights(Genominator)
addPrimingWeights()所属R语言包：Genominator

                                         Adding priming weights to an AlignedRead object.
                                         添加吸权到AlignedRead对象。

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function adds priming weights to an AlignedRead object.
此功能增加了吸权到AlignedRead对象。


用法----------Usage----------


addPrimingWeights(aln, weights = NULL, overwrite = FALSE, ...)



参数----------Arguments----------

参数：aln
An object of class AlignedRead.  
对象类AlignedRead。


参数：weights
A vector of weights as produced by computePrimingWeights.  
权重的向量作为生产computePrimingWeights。


参数：overwrite
A logical, will a weights entry in the alignData of the aln argument be overwritten?  
逻辑，将weights中的alignData参数aln项被覆盖？


参数：...
These arguments are passed to computePrimingWeights and are only used if weights are NULL.  
这些参数被传递到computePrimingWeights如果weights是NULL只用于。


Details

详情----------Details----------

If the weights are not supplied, the weights are calculated using the aln object itself.
如果不提供的重量，重量计算使用aln对象本身。


值----------Value----------

An object of class AlignedRead with a weights component in its alignData slot.
一个类的对象AlignedReadweights槽组件alignData。


作者（S）----------Author(s)----------



Kasper Daniel Hansen <a href="mailto:khansen@jhsph.edu">khansen@jhsph.edu</a>.




参考文献----------References----------

transcriptome sequencing caused by random hexamer priming.  Nucleic Acids Res, doi:10.1093/nar/gkq224

参见----------See Also----------

computePrimingWeights and the extended example in the 'Working with ShortRead' vignette.
computePrimingWeights“中的插曲”与ShortRead工作的扩展的例子。


举例----------Examples----------


if(require(ShortRead)) {
  bwt.file <- system.file("extdata", "bowtie", "s_1_aligned_bowtie.txt",
                          package="ShortRead")
  aln <- readAligned(bwt.file, type = "Bowtie")
  weights <- computePrimingWeights(aln, weightsLength = 2L)
  aln <- addPrimingWeights(aln, weights = weights)
  head(alignData(aln)$weights)
}

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