R语言 GenomicFeatures包 regions()函数中文帮助文档(中英文对照)

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regions(GenomicFeatures)
regions()所属R语言包：GenomicFeatures

                                         Functions that compute genomic regions of interest.
                                         计算利息的基因组区域的功能。

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Functions that compute genomic regions of interest such as promotor, upstream regions etc, from the genomic locations provided in a UCSC-style data frame.
计算利息的基因组区域，如启动子，上游区域等，在UCSC的风格的数据框提供的基因组位置，功能。

WARNING: All the functions described in this man page are deprecated. Please use transcripts, exons or intronsByTranscript on a TranscriptDb object instead.
警告：本手册页中描述的所有功能已被弃用。请transcripts，exons或intronsByTranscript上TranscriptDb对象，而不是。


用法----------Usage----------


transcripts_deprecated(genes, proximal = 500, distal = 10000)
exons_deprecated(genes)
introns_deprecated(genes)



参数----------Arguments----------

参数：genes
A UCSC-style data frame i.e. a data frame with 1 row per transcript and at least the following columns: "name", "chrom", "strand", "txStart", "txEnd", "exonCount", "exonStarts", "exonEnds", "intronStarts" and "intronEnds". A value in any of the last 4 columns must be a comma-separated list of integers. Note that unlike what UCSC does the start values here must be 1-based, not 0-based.  
加州大学圣克鲁兹分校式的数据框，即1行，每成绩单，并至少有下列列与数据框："name"，"chrom"，"strand"，"txStart"，"txEnd" ，"exonCount"，"exonStarts"，"exonEnds"，"intronStarts"和"intronEnds"。在最后4列的值必须是一个整数逗号分隔的列表。请注意，不像加州大学圣克鲁兹分校这里开始值必须是1，而不是基于0。


参数：proximal
The number of bases on either side of TSS and 3'-end for the promoter and end region, respectively.  
TSS和3-端的启动和结束的区域，分别两侧碱基。


参数：distal
The number of bases on either side for upstream/downstream, i.e. enhancer/silencer regions.  
上游/下游，即增强/消音区域的数目，对任何一方的碱基。


Details

详情----------Details----------

The assumption made for introns is that there must be more than one exon, and that the introns are between the end of one exon and before the start of the next exon.
为内含子的假设是，必须有超过一个外显子，内含子之间的一个外显子的结束和下一个外显子开始前。


值----------Value----------

All of these functions return a RangedData object with a gene column with the UCSC ID of the gene. For transcripts_deprecated, each element corresponds to a transcript, and there are columns for each type of region (promoter, threeprime, upstream, and downstream). For exons_deprecated, each element corresponds to an exon. For introns_deprecated, each element corresponds to an intron.
所有这些函数返回一个RangedData基因UCSC的ID列gene对象。 transcripts_deprecated，每个元素对应一个成绩单，有每个区域类型的列（子，threeprime，上游和下游）。 exons_deprecated，每个元素对应一个外显子。 introns_deprecated，每个元素对应一个内含子。


作者（S）----------Author(s)----------



M. Lawrence.




参见----------See Also----------

transcripts, exons, intronsByTranscript, TranscriptDb-class
transcripts，exons，intronsByTranscript，TranscriptDb级

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