R语言 genomes包 virus()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

virus(genomes)
virus()所属R语言包：genomes

                                         Virus genomes at NCBI
                                         在NCBI的病毒基因组

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Viral reference genome sequencing projects at NCBI.
病毒在NCBI的参考基因组测序项目。


用法----------Usage----------


data(virus)



格式----------Format----------

A genomes data frame with the following 10 variables.
一个基因组数据框以下的10个变量。




name virus name
name病毒名称




released  release date
released发布日期




neighbors number of Genome Neighbors
neighbors基因组的邻居




segments number of segments
segments段数




refseq RefSeq accession number
refseq的RefSeq加入号码




isolate  isolate name
isolate隔离名称




size  genome size (nt)
size基因组大小（新台币）




proteins number of proteins
proteins蛋白质




host host name
host主机名




updated  modified date
updated修改日期


Details

详情----------Details----------

Please refer to the Viral genomes page at NCBI http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/GenomesHome.cgi?taxid=10239&hopt=aboutsite for details on Reference genomes.  One Reference genome is selected per viral species and other strains are linked as Genome Neighbors (other complete sequences for the species).  See the neighbor option in the ncbiGenome function to get a list of Genome neighbors.
参考基因组的详细信息，请参阅在NCBI的http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/GenomesHome.cgi?taxid=10239&hopt=aboutsite病毒的基因组页。每一个参考基因组被选中的病毒种类和其他菌株的基因组的邻居（其他物种的完整序列）挂钩。看到neighborncbiGenome功能选项，以获取基因组的邻居列表。

Summing the number of segments in this table should return the total number of reference sequences; however, summing the number of genome neighbors will not return the number of linked GenBank sequences since many counts are duplicated or missing (eg, Dengue virus neighbors are listed 4 times, Influenza A and B neighbors are missing.
总结本表中的数段应该返回的参考序列的总数;然而，总结基因邻居的数量将不会返回链接GenBank中序列的数量，因为许多罪名被复制或丢失（例如，登革热病毒的邻居列出4倍，流感A和B的邻居丢失。


源----------Source----------

downloaded from http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/GenomesGroup.cgi?taxid=10239&opt=Virus&sort=genome
下载http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/GenomesGroup.cgi?taxid=10239&opt=Virus&sort=genome


举例----------Examples----------


data(virus)
plot(virus)
summary(virus)
sum(virus$segments)
# some neighbors repeat (others are missing)[一些邻居重复（人失踪）]
subset(virus, name %like% 'Dengue*')
subset(virus, name %like% 'Monkey*')
# list the neighbors (and exclude Genbank acc that RefSeq was derived from)[列出的邻居（和排除ACC序列的RefSeq是从派生）]
ncbiGenome("Monkeypox virus[orgn]", neighbor=TRUE, derived=FALSE)

## most common phages[＃最常见的噬菌体]
table2(species(grep("phage", virus$name, value=TRUE)))



转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。


注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。