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R语言 genomes包 ncbiTaxonomy()函数中文帮助文档(中英文对照)

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发表于 2012-2-25 19:25:07 | 显示全部楼层 |阅读模式
ncbiTaxonomy(genomes)
ncbiTaxonomy()所属R语言包:genomes

                                          NCBI taxonomy database  
                                         NCBI分类学数据库

                                         译者:生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Search the Entrez taxonomy database at NCBI  and return summaries using Esummary or Efetch
搜索Entrez的分类数据库,NCBI和回报摘要使用Esummary或Efetch


用法----------Usage----------


ncbiTaxonomy(term, results = "summary", full = FALSE)



参数----------Arguments----------

参数:term
either a valid Entrez search term or a vector of taxonomy IDs (passed to Epost) or names (joined using OR)   
一个有效的Entrez的搜索术语或分类标识(传递到Epost的)名称或向量(加入使用OR)


参数:results
return a summary using Esummary (default) or lineage using Efetch
使用Esummary(默认)或沿袭使用Efetch的返回一个汇总


参数:full
return all 14 Esummary fields, default is 9  
返回所有14 Esummary领域,默认是9


Details

详情----------Details----------

The function uses either Epost (for numeric taxonomy IDs) or Esearch to query the taxonomy database and then passes the results to either Esummary or Efetch. Esummary returns the id, name, rank, division and number of linked records in various Entrez databses.  Efetch returns the id, name, rank, lineage and date.
函数使用要么Epost(对于数字的分类ID)或Esearch查询分类数据库,然后将结果传递给无论是Esummary或Efetch的。 esummary返回的ID,名称,等级,分工和在Entrez的各种信息的数据库连接的记录数。 efetch返回的ID,名称,等级,宗族和日期。


值----------Value----------

a data.frame
数据框


作者(S)----------Author(s)----------


Chris Stubben



参考文献----------References----------

<h3>See Also</h3>

举例----------Examples----------


ncbiTaxonomy("cellular organisms[Next Level]")  
# new Hantavirus species in 2011[在2011年新的汉他病毒种类]
ncbiTaxonomy("Hantavirus[subtree] AND 2011[date] AND species[rank]")
# difference between summary and lineage (Efetch) results[总结和传承(Efetch)结果的差异]
ncbiTaxonomy (1000587)
ncbiTaxonomy (1000587, "lineage")



转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。


注:
注1:为了方便大家学习,本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成,仅供个人R语言学习参考使用,生物统计家园保留版权。
注2:由于是机器人自动翻译,难免有不准确之处,使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解,可以帮助R语言的学习。
注3:如遇到不准确之处,请在本贴的后面进行回帖,我们会逐渐进行修订。
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