R语言 genomeIntervals包 distance_to_nearest()函数中文帮助文档(中英文对照)

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distance_to_nearest(genomeIntervals)
distance_to_nearest()所属R语言包：genomeIntervals

                                        Distance in bases to the closest interval(s)
                                         在碱基的距离最接近的时间间隔（S）

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Given two objects, from and to, compute the distance in bases of each from interval to the nearest to interval(s). The distance between a base and the next inter-bases on either side values 0.5. Thus, base - base and inter-base - inter-base intervals distances are integer, whereas base - inter-base intervals distances are half-integers.
由于两个对象，from和to，计算出每个from间隔距离碱基最近的to间隔（S）。两边碱基和未来间碱基之间的距离为0.5。因此，碱基 - 碱基和间碱基 - 碱基间的间隔距离是整数，而碱基 - 基间的间隔距离是半整数。


用法----------Usage----------


## S4 method for signature 'Genome_intervals,Genome_intervals'
distance_to_nearest(from, to)
## S4 method for signature 'Genome_intervals_stranded,Genome_intervals_stranded'
distance_to_nearest(from, to)



参数----------Arguments----------

参数：from
A Genome_intervals or Genome_intervals_stranded object.
一个Genome_intervals或Genome_intervals_stranded对象。


参数：to
A Genome_intervals or Genome_intervals  object.  
一个Genome_intervals或Genome_intervals 对象。


Details

详情----------Details----------

A wrapper calling intervals::distance_to_nearest by seq_name and by strand (if both from and to are Genome_intervals_stranded objects). Thus, if both are stranded, distances are computed over each strand separately. One object must be coerced to Genome_intervals if this is not wished.
一个包装调用intervals::distance_to_nearestseq_name和strand（如果双方from和to是Genome_intervals_stranded对象）。因此，如果滞留，距离计算分别在每个链。一个对象必须强迫Genome_intervals如果这是不希望的。


值----------Value----------

A numeric vector of distances with one element for each row of from.
一个数字的距离向量的与每个from行的一个元素。


参见----------See Also----------

intervals::distance_to_nearest
intervals::distance_to_nearest


举例----------Examples----------


## load toy examples[＃装载玩具的例子。]
data(gen_ints)                 

## i in close_intervals notation[＃我close_intervals符号]
close_intervals(i)

## j in close_intervals notation[＃J close_intervals符号]
close_intervals(j)

## distances from i to j [＃距离从i到j]
dn = distance_to_nearest(i,j)
dn

## distance == 0 if and only if the interval overlaps another one:[＃距离== 0当且仅当另一个区间重叠：]
io = interval_overlap(i,j)
if( any( ( sapply(io, length) >0 )  != (!is.na(dn) & dn ==0) ) )
        stop("The property 'distance == 0 if and only if the interval overlaps another one' is not followed for at least one instance.")

## distances without strand-specificity[＃无链特异性的距离]
distance_to_nearest(
                as(i,"Genome_intervals"),
                as(j,"Genome_intervals")
)        

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