R语言 GenomeGraphs包 makeAnnotationTrack()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

makeAnnotationTrack(GenomeGraphs)
makeAnnotationTrack()所属R语言包：GenomeGraphs

                                        Create objects of class AnnotationTrack
                                         创建类AnnotationTrack对象

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Convenience function for constructing objects of class AnnotationTrack.
建设类AnnotationTrack对象的便利功能。


用法----------Usage----------


makeAnnotationTrack(regions = NULL, chr = NULL, strand = NULL, start = NULL, end = NULL, feature = NULL, group = NULL, ID = NULL, dp = NULL)



参数----------Arguments----------

参数：regions
A dataframe with columns start, end, feature, group, ID. start and end delineate the boundaries of the boxes feature can be used to color the boxes. Group denotes linking so generally exons from a gene form a group. Finally, ID can be used to plot names on boxes.
一列开始，结束，特征，组，编号dataframe。开始和结束划定边界的框功能，可用于颜色的框。集团表示连接，一般从外显子的基因组成一个小组。最后，ID可以用来盒上的小区名称。


参数：chr
The chromosome of the regions (can be ignored)
该区域的染色体（可以忽略）


参数：strand
The strand of the regions (can be ingored)  
该区域的股（可ingored）


参数：start
If regions is missing then we construct a dataframe from the remaining parameters.
如果区域缺少那么我们构造1 dataframe其余参数。


参数：end
Construct regions with this vector
与此向量构造区域


参数：feature
Construct regions with this feature vector or scalar
构建与特征向量或标区


参数：group
Defines a grouping  
定义分组


参数：ID
Defines an ID for each annotation bit  
为每个注解位的ID定义


参数：dp
DisplayPars, in this case we can create a mapping between feature and color. So lets say in the feature column you have: gene, transcript, gene, then in the dp you can say gene = 'blue' and transcript = 'green'
的DisplayPars，在这种情况下，我们可以创建一个功能和颜色之间的映射。所以让我们说你有在功能列：基因，转录基因，然后在DP可以说“蓝基因”和成绩单=绿色


值----------Value----------

Returns an object of class AnnotationTrack
返回类AnnotationTrack对象


举例----------Examples----------


a <-  makeAnnotationTrack(start = c(10, 15, 25), end = c(12, 19, 31),
                      group = c(1,1,2), feature = c("gene", "gene", "tf"),
                      ID = paste("id", 1:3, sep = ""), dp = DisplayPars(gene = 'blue'))
gdPlot(a, minBase = 0, maxBase = 40)

转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。


注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。