GenomeAxis-class(GenomeGraphs)
GenomeAxis-class()所属R语言包:GenomeGraphs
Class "GenomeAxis", representing a genomic coordinate axis
类的“GenomeAxis”,代表一个基因组的坐标轴
译者:生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Represents a genomic coordinate axis
代表一个基因组的坐标轴
类的对象----------Objects from the Class----------
Objects can be created by calls of the form new("GenomeAxis", ...).
创建对象可以通过检测的形式new("GenomeAxis", ...)。
插槽----------Slots----------
add53: Object of class "logical", indicating if 5 to 3 prime direction needs to be plotted
add53:Object类的"logical",如果以5比3的主要方向需要被绘制
add35: Object of class "logical", indicating if
add35:Object类的"logical",指示
dp: Object of class "DisplayPars", containing the display parameters such as size of the plot and color
dp:对象类"DisplayPars",包含显示参数,如大小的图和色彩
littleTicks: Object of class "logical", indicating if the genome axis should be dense for improved
littleTicks:"logical"类的对象,表示,如果基因组中轴线应改进密集
方法----------Methods----------
No methods defined with class "GenomeAxis" in the signature.
没有任何方法定义类的“GenomeAxis”签名。
作者(S)----------Author(s)----------
Steffen Durinck
参考文献----------References----------
<h3>See Also</h3> objects to See Also as <code>gdPlot</code>
举例----------Examples----------
if(interactive()){
mart = useMart("ensembl", dataset="hsapiens_gene_ensembl")
genomeAxis = new("GenomeAxis", add53=TRUE)
plusStrand = new("GeneRegion", chromosome = "17", start = 30450000, end = 30550000, strand = "+", biomart = mart)
gdPlot(list(genomeAxis, plusStrand), minBase = 30450000, maxBase = 30550000)
}
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注:
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