RankingWelchT(GeneSelector)
RankingWelchT()所属R语言包:GeneSelector
Ranking based on the Welch t statistic.
韦尔奇的t统计排名的基础上。
译者:生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Performs univariate (rowwise) Welch tests on a gene expression matrix. The Welch t statistic is a better alternative to the 'ordinary' t statistic in the two sample, unequal variances setting.
执行单因素(rowwise)基因表达矩阵韦尔奇测试。韦尔奇的t统计量是一个更好的选择在“普通”的t统计量的两个样本,设置不平等的差异。
用法----------Usage----------
RankingWelchT(x, y, type = "unpaired", pvalues = TRUE, gene.names = NULL, ...)
参数----------Arguments----------
参数:x
A matrix of gene expression values with rows corresponding to genes and columns corresponding to observations or alternatively an object of class ExpressionSet.
一个matrix基因表达值与相应的基因和相应的意见,或者一个对象类ExpressionSet列行。
参数:y
If x is a matrix, then y may be a numeric vector or a factor with at most two levels.<br> If x is an ExpressionSet, then y is a character specifying the phenotype variable in the output from pData.
x如果是一个矩阵,然后y可能是一个numeric矢量或在大多数两个级别的一个因素。参考如果x是ExpressionSet ,然后y是一个字符指定在pData输出型变量。
参数:type
Only the two sample case, type="unpaired" is possible. Otherwise, use RankingTstat. Variances are assumed to be unequal.
只有两个样本的情况下,type="unpaired"是可能的。否则使用RankingTstat。差异被认为是不平等的。
参数:pvalues
Should p-values be computed ? Default is TRUE.
应的p值计算?默认TRUE。
参数:gene.names
An optional vector of gene names.
一个基因名称可选的向量。
参数:...
Currenly unused argument.
currenly未使用的参数。
值----------Value----------
An object of class GeneRanking.
对象类GeneRanking。
作者(S)----------Author(s)----------
Martin Slawski <br>
Anne-Laure Boulesteix
参见----------See Also----------
RepeatRanking, RankingTstat, RankingFC, RankingWilcoxon, RankingBaldiLong, RankingFoxDimmic, RankingLimma, RankingEbam, RankingWilcEbam, RankingSam, RankingShrinkageT, RankingSoftthresholdT,
RepeatRanking,RankingTstat,RankingFC,RankingWilcoxon,RankingBaldiLong,RankingFoxDimmic,RankingLimma,RankingEbam,RankingWilcEbam,RankingSam,RankingShrinkageT,RankingSoftthresholdT
举例----------Examples----------
## Load toy gene expression data[#加载玩具基因表达数据]
data(toydata)
### class labels[##类的标签]
yy <- toydata[1,]
### gene expression[##基因表达]
xx <- toydata[-1,]
### run RankingWelch[#运行RankingWelch]
welchT <- RankingWelchT(xx, yy, type="unpaired")
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