R语言 GeneRegionScan包 translateSampleNames()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

translateSampleNames(GeneRegionScan)
translateSampleNames()所属R语言包：GeneRegionScan

                                        Translate sample names using translation file
                                         使用翻译文件翻译样本名

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Function that will change sample names in an ExpressionSet using a translation file.
功能，这将改变样品名称中使用翻译文件ExpressionSet。


用法----------Usage----------


    translateSampleNames(object, translationFile, from, to)



参数----------Arguments----------

参数：object
An ExpressionSet
一个ExpressionSet


参数：translationFile
Character string with the path to a tab-separated text file with translations of names. Alternatively a data frame containing translation information.
字符串名称的翻译与制表符分隔的文本文件的路径。另外一个数据框包含翻译信息。


参数：from
Character string with the translationFile column name containing the values to translate from.
与translationFile列包含值的名称翻译的字符串。


参数：to
Character string with the translationFile column name containing the values to translate to.
与translationFile列包含值的名称翻译的字符串。


Details

详情----------Details----------

Function that can translate the sampleNames of an ExpressionSet when given translation information. The translationFile argument gives the translation between sampleNames as they are and the sampleNames as they should be.  It can either be a character string with the path to a tab-separated text-file with headers or a directly a data frame with the necessary information. The variables 'from' and 'to' specify the column names that contains the translation information. They must be present in the translationFile and the entries in 'from' must be present in the sampleNames of the  current ExpressionSet. Extra entries in the translationFile are omitted but samples in the ExpressionSet without  samples in the translationFile will raise an error.
功能，可以转化的ExpressionSet sampleNames，当翻译信息。在translationFile参数给出因为他们是因为他们应该和sampleNames的sampleNames之间的翻译。它可以是一个制表符分隔的文本文件头或直接与必要的信息数据框的路径字符串。变量从和到指定的列名包含翻译信息。他们必须在的translationFile条目“从必须是在当前ExpressionSet sampleNames。省略额外的条目中translationFile但在无样品translationFile ExpressionSet样品将引发一个错误。

This package is particularly useful after running cel-files through the Affymetrix Power Tools  (with getLocalProbeIntensities for example), since this program has a tendency to change any odd  character in the filename to something else.
这个包是特别有用的，运行后通过Affymetrix公司的电动工具（与例如getLocalProbeIntensities）CEL文件，因为这个程序有一个奇怪字符的文件名更改任何别的倾向。


值----------Value----------

The same ExpressionSet given as argument, but with sampleNames changed as specified in translationFile
同样ExpressionSet作为参数，但与sampleNames改变在translationFile指定


作者（S）----------Author(s)----------


Lasse Folkersen



举例----------Examples----------



        data(exampleProbeLevelSet)
       
        fromThese<-sampleNames(exampleProbeLevelSet)
       
        toThese<-sub(".cel","", sampleNames(exampleProbeLevelSet))
        toThese<-sub("X","", toThese)
       

        translationFile<-cbind(fromThese, toThese)
        translationFile<-as.data.frame(translationFile)
       
        translateSampleNames(exampleProbeLevelSet, translationFile, from="fromThese", to="toThese")
                               
       

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