R语言 GeneRegionScan包 plotStatistics()函数中文帮助文档(中英文对照)

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plotStatistics(GeneRegionScan)
plotStatistics()所属R语言包：GeneRegionScan

                                        Plot Statistics
                                         图统计

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Internal function that will assist plotOnGene in identifying probes that are significantly changed in comparison with a given pData column.
内部的功能，这将有助于查明在比较显着的改变探针与一个给定的pData所列plotOnGene。


用法----------Usage----------


    plotStatistics(object, probeData, label, summaryType, testType, interval=NULL,
    forcePValue=FALSE, verbose=TRUE, positionVector, ylim, xlim, cutoff=0.2)



参数----------Arguments----------

参数：object
A ProbeLevelSet object or a regular ExpressionSet object (in which case a probeData argument is required.
一个ProbeLevelSet对象或定期ExpressionSet对象（在这种情况下probeData参数是必需的。


参数：probeData
Optional if a ProbeLevelSet is submitted as object argument. Otherwise it must be a data frame with rownames corresponding to the featureNames of the ExpressionSet and a column named "sequence" with the probe sequences as character strings
可选如果提交对象参数ProbeLevelSet。否则，它必须是一个数据框与相应的ExpressionSet featureNames和探针序列作为字符串名为“序列”列rownames


参数：label
An optional character string specifying a column name in the pData of the object. If this argument is given, the gene plot will be colour coded based on the different groups (factors) in the pData entry. If a summaryType other than 'dots' is selected the summarisation is done stratified by the different groups in the pData.     
一个可选的字符串对象的pData所指定的列名。如果这种说法，基因图将根据不同的群体，在PDATA项（因素）的颜色编码。如果选择“点”以外summaryType的summarisation完成在pData所不同群体分层。


参数：summaryType
Character string specifying one of the following summary methods: 'median', 'mean', 'quartiles' or 'dots' (i.e. no summary). Specifies how all the sample values or all the samples values in a group if 'label' is given, should be summarised. Defaults to 'median'.
字符串，指定以下的简易方法之一：“中位数”，“意味着”，“四分”或“点”（即无摘要）。指定所有样本值或一组中的所有样本值，如果给出标签，应该总结。默认为“中位数”。


参数：testType
Character string, defining a statistic procedure to identify especially interesting probes.
字符串，定义一个统计程序，以确定特别有趣的探针。


参数：interval
Optional vector of two integers of bp positions. If given, the plot will only include the sequence from gene in the given interval. The x-axis annotation is preserved from original, so this is useful for zooming on specific regions.
可选向量两个BP位置的整数。如果给定，该图将只包括在给定的时间间隔的基因序列。 x轴的注解是从原来的保存，所以这是非常有用的，用于放大特定区域。


参数：forcePValue
Logical. Is used if the testType argument is used. If TRUE all significantly changed probes have P-value given on the plot. If FALSE, only plots with less than 10 probes significant write P-values. Plots can become very cluttered with data if set to TRUE
逻辑。用于用于，如果testType参数。如果真探针均显着改变，有图给予的P值。如果为FALSE，与探针显著写P值小于10只图。图可以成为非常杂乱的数据，如果设置为TRUE


参数：verbose
TRUE or FALSE
TRUE或FALSE


参数：positionVector
A vector of integers and names specifying the position along the x-axis of each probe.
一个向量整数指定每个探针沿x轴的位置和名称。


参数：ylim
A vector of two integers. Specifies the decided ylim value passed into the plotting function.
两个整数向量。指定决定的的ylim价值传递到绘图功能。


参数：xlim
A vector of two integers. Specifies the decided xlim value passed into the plotting function.
两个整数向量。指定决定的的xlim价值传递到绘图功能。


参数：cutoff
Integer specifying at what p-value probes should be circled when using the 'testType' variable. Defaults to 0.2. For cutoffs higher than 0.05, all probes with P >0.05 will be circled in grey instead of black.
整数，指定p值探针应盘旋时使用的“testType变量。默认为0.2。比0.05的临界值，P均> 0.05探针将在灰黑色的，而不是盘旋。


Details

详情----------Details----------

This function is not meant to be called by the user. It acts as an adapter between plotOnGene and either doProbeLinear or doProbeTTest depending on the testType variable.
此功能并不意味着必须由用户调用。充当适配器plotOnGene和要么doProbeLinear或doProbeTTest根据上testType变量的。


值----------Value----------

No value, but decorates an existing plotOnGene plot with circles and p-values for all probes that are significant when investigating label with testType
没有价值，但装饰界和p值的调查与testType标签时是重大的所有探针的的现有plotOnGene图


作者（S）----------Author(s)----------


Lasse Folkersen



参见----------See Also----------

doProbeLinear, doProbeTTest, plotOnGene
doProbeLinear，doProbeTTest，plotOnGene

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