R语言 GeneRegionScan包 findProbePositions()函数中文帮助文档(中英文对照)

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findProbePositions(GeneRegionScan)
findProbePositions()所属R语言包：GeneRegionScan

                                        Find positions of probes on a gene
                                         找到一个基因探针的位置

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Function that will the location of probes in a gene based on their sequence.
功能，将根据其序列的基因探针的位置。


用法----------Usage----------


    findProbePositions(object, gene, probeData=NULL,interval=NULL,directions="all",verbose=TRUE)



参数----------Arguments----------

参数：object
A ProbeLevelSet object or a regular ExpressionSet object (in which case a probeData argument is required). See getLocalProbeIntensities and related functions on how to create a ProbeLevelSet.
一个ProbeLevelSet对象或定期ExpressionSet对象（在这种情况下probeData参数是必需的）。如何创建一个ProbeLevelSet getLocalProbeIntensities和相关职能。


参数：gene
A number of gene sequences as DNAstring, vectors of DNAStrings, character-vectors or readFASTA outputs.
一个号码作为DNAstring基因序列，向量DNAStrings，字符矢量或readFASTA输出的。


参数：probeData
Optional if a ProbeLevelSet is submitted as object argument. Otherwise, it must be a data frame with rownames corresponding to the featureNames of the ExpressionSet and a column named "sequence" with the probe sequences as character strings
可选如果提交对象参数ProbeLevelSet。否则，它必须是一个相应的ExpressionSet的featureNames和探针序列作为字符串名为“序列”列rownames数据框


参数：interval
Optional vector of two integers of bp positions. If given, the plot will only include the sequence from gene in the given interval. The x-axis annotation is preserved from original, so this is useful for zooming on specific regions.
可选向量两个BP位置的整数。如果给定，该图将只包括在给定的时间间隔的基因序列。 x轴的注解是从原来的保存，所以这是非常有用的，用于放大特定区域。


参数：verbose
TRUE or FALSE
TRUE或FALSE


参数：directions
A character vector of the matching-directions that should be scanned (which combinations of complementary and reverse). Defaults to "all" which is shorthand for all possible directions, but can take anything from: c("matchForwardSense", "matchForwardAntisense", "matchReverseSense", "matchReverseAntisense")
应扫描（互补和反向组合）的匹配方向的一个特征向量。默认“所有”，这是对所有可能的方向速记，但可以采取任何来自：C（“matchForwardSense”，“matchForwardAntisense”，“matchReverseSense”，“matchReverseAntisense”）


Details

详情----------Details----------

This function is principally used by the plotOnGene to assign positions of each probe relative to the gene sequence of interest. In a recent version of GeneRegionScan it was separated as a discrete function because of its use in alternative plotting
此功能主要用于plotOnGene分配每个探针的相对位置感兴趣的基因序列。在最新版本的GeneRegionScan它作为一个离散的，因为其使用功能分开绘图替代


值----------Value----------

A vector of positions of each probe in the object ProbeLevelSet, with names being probe ids
一个向量的对象ProbeLevelSet中每个探针的位置，名称探针IDS


作者（S）----------Author(s)----------


Lasse Folkersen



参见----------See Also----------

geneRegionScan, plotOnGene, plotCoexpression
geneRegionScan，plotOnGene，plotCoexpression


举例----------Examples----------



        data(exampleProbeLevelSet)
       
        findProbePositions(exampleProbeLevelSet, mrna)
       

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