R语言 geneplotter包 plotExpressionGraph()函数中文帮助文档(中英文对照)

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plotExpressionGraph(geneplotter)
plotExpressionGraph()所属R语言包：geneplotter

                                        A function to plot a graph colored by expression data
                                         函数绘制图形着色表达数据

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Given a graph and expression data for one entity, will plot the graph with the nodes colored according to the expression levels provided.
鉴于图和表达数据的一个实体，将绘制的图形与颜色的节点根据所提供的表达水平。


用法----------Usage----------


plotExpressionGraph(graph, nodeEGmap, exprs, ENTREZIDenvir, mapFun, log = FALSE, nodeAttrs = list(), ...)



参数----------Arguments----------

参数：graph
The graph to plot
绘制的图形


参数：nodeEGmap
A list with element names being node names and the elements being EntrezLink IDs corresponding to those node names.
一个list是EntrezLink的ID对应到这些节点名称节点名称和元素与元素名。


参数：exprs
A vector of expression data, with names being Affymetrix IDs and values being the expression level.
一个vector表达数据，名称是Affymetrix的表达水平的ID和价值观。


参数：ENTREZIDenvir
An environment mapping Affymetrix IDs to EntrezLink IDs, such as the ones provided in the xxx2ENTREZID environments from the Bioconductor data packages (where xxx) is a data package).
environmentAffymetrix公司的ID映射EntrezLink标识，如提供的的Bioconductor数据包（其中xxx）xxx2ENTREZID环境，是一个数据包）。


参数：mapFun
A function to map expression levels to colors.
函数映射颜色的表达水平。


参数：log
Whether or not the expression data.
是否或不表达数据。


参数：nodeAttrs
A list of node attributes, as per plot.graph.
一个list节点的属性，每plot.graph。


参数：...
Any extra arguments to be passed to plot.graph.
任何额外的参数被传递到plot.graph。


Details

详情----------Details----------

This function can be used to plot a graph and have the nodes colored according to expression levels provided by the user.  The graph parameter is a graph object from the graph package.
此功能可用于绘制图形和颜色的节点根据用户提供的表达水平。 graph参数是一个graph包对象graph。

The nodeEGmap parameter is a list that maps the nodes of the graphs to EntrezLink IDs.  An example of this is the IMCAEntrezLink object in the integrinMediatedCellAdhesion data set in the graph package.
nodeEGmap参数是一个列表，图，图表节点EntrezLink标识。这样的一个例子是IMCAEntrezLink在的integrinMediatedCellAdhesion包的数据集对象graph。

The exprs argument is a vector mapping expression levels to Affymetrix IDs.  One way to generate an appropriate vector is to extract a single column from an ExpressionSet.
exprs参数是一个向量映射的表达水平，Affymetrix公司的ID。的方式来产生一个合适的向量之一，是从ExpressionSet提取单个列。

The ENTREZIDenvir environment maps Affymetrix IDs to EntrezLink IDs.  The simplest way to provide this argument is to load the preferred Bioconductor data package (e.g. hgu95av2.db) and pass in that package's xxx2ENTREZID, where xxx is the name of the package.
环境图Affymetrix的ID来标识EntrezLink ENTREZIDenvir。提供这种说法是最简单的方法来加载的首选Bioconductor数据包（如hgu95av2.db），并通过在该软件包的xxx2ENTREZID，其中xxx是软件包的名称。

The mapFun function defaults to the function defMapFun, which maps nodes to be either blue, green or red depending for expression ranges of 0-100, 101-500, and 501+.  In the case where log is TRUE these ranges are modified with log2.  Custom versions of this function can be supplied by the user - it must take two parameters, first the expression vector and a boolean value (log) specifying if the data has had a log2 applied to it.  The function must return a vector with the same names as the expression vector, but the values of the vector will be color strings.
mapFun函数默认defMapFun，映射节点无论是蓝色，绿色或红色表达范围为0-100，101-500，和501 +的功能，。的情况下log是TRUElog2修改这些范围。可以由用户提供此功能的自定义版本 - 它必须有两个参数，首先表达向量和一个布尔值（log）指定的数据，如果有一个log2适用于它。该函数必须返回一个向量作为表达向量的名称相同，但是向量的值将颜色字符串。

The nodeAttrs list can be specified if any other node attributes are desired to be set by the user.  Please see the plot.graph man page for more information on this.  The  other attribute list (attrs and edgeAttrs) can be passed in via the ... parameter.
如果希望由用户设置的任何其他节点属性，可以指定nodeAttrs列表。更多的信息，请参阅plot.graph手册页。其他属性列表（attrs和edgeAttrs），可以通过通过...参数。

The IMCAEntrezLink data structure was created for the purpose of illustrating this program.  On Sept 24 2007, the current version of hgu95av2.db was used to map from the nodes of IMCAGraph (in graph package) to Entrez identifiers.
IMCAEntrezLink数据结构创建为说明这一计划的目的。于2007年9月24日，当前版本的hgu95av2.db被用来从IMCAGraph节点（图中包）映射到Entrez的标识符。


作者（S）----------Author(s)----------


Jeff Gentry



参见----------See Also----------

plot.graph,
plot.graph


举例----------Examples----------


   if (require("Rgraphviz") && require("hgu95av2.db") &&
       require("fibroEset")) {
       data(integrinMediatedCellAdhesion)
           data(IMCAEntrezLink)
       data(fibroEset)
       attrs <- getDefaultAttrs()
       attrs$graph$rankdir <- "LR"
       plotExpressionGraph(IMCAGraph, IMCAEntrezLink,
                           exprs(fibroEset)[,1],
                           hgu95av2ENTREZID, attrs = attrs)
   }

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