cPlot(geneplotter)
cPlot()所属R语言包：geneplotter
A plotting function for chromosomes.
一个染色体的绘图功能。
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Given a chromLocation object, will plot all the gene locations from that object.
给予chromLocation对象，将绘制所有基因的位置，从该对象。
用法----------Usage----------
cPlot(plotChroms, useChroms=chromNames(plotChroms),
scale=c("relative","max"), fg="white", bg="lightgrey",
glen=0.4, xlab="", ylab="Chromosome",
main = organism(plotChroms), ...)
参数----------Arguments----------
参数：plotChroms
An object of type chromLocation which contains all the gene information to be plotted.
要绘制一个对象，它包含所有的基因信息类型chromLocation。
参数：useChroms
A vector of chromosome names to be used in the plot. Default is to use all the chromosomes from the plotChroms object.
向量染色体在图中使用的名称。默认是使用所有的染色体从plotChroms对象。
参数：scale
Passed on to cScale as it's scale argument. Determines whether the graph is scaled on a relative or absolute basis.
通过上，因为它的规模参数cScale。确定图是否是一个相对或绝对的基础上进行缩放。
参数：fg
The colour to be used for the genes. Default is white.
可用于基因的颜色。默认是白色的。
参数：bg
The colour to be used for the background of the plot. Defaults to lightgrey.
用于图的背景颜色。默认来浅灰。
参数：glen
A scaling factor applied to the plotted length of each gene. Defaults to 0.4 - it is recommended that this not be set larger then 0.5 as it will cause overlap between chromosomes.
绘制的每一个基因的长度比例因子。默认0.4 - 这是建议，这不是那么0.5设置较大的，因为它会导致染色体之间的重叠。
参数：xlab
A label for the x axis.
x轴的标签。
参数：ylab
A label for the y axis.
y轴的标签。
参数：main
A main label for the plot.
一个图的主要标签。
参数：...
Additional graphics arguments, passed to segments, which is used to draw the vertical ticks.
额外的图形参数，传递给的segments，这是用来绘制垂直刻度线。
Details
详情----------Details----------
This function will first use the lengths of the chromosomes, stored in the object to create scaling factors for the X axis. Once the scaling factors are determined, the chromLocation object which is passed in is used to determine all the gene locations/strand information/etc, which is then plotted for the user.
此功能将首先使用染色体的长度，存储在对象创建X轴的比例因子。一旦确定比例因子，chromLocation对象是通过在被用来确定所有基因的位置/股信息/等，然后为用户绘制。
作者（S）----------Author(s)----------
Jeff Gentry
参见----------See Also----------
cScale, cColor,
cScale，cColor
举例----------Examples----------
## A bit of a hack to not have a package dependency on hgu95av2[＃一个黑客位没有上hgu95av2包依赖]
## but need to fiddle w/ the warn level to not fail the example anyways.[＃但需要摆弄W / WARN级别不失败的例子反正。]
curWarn <- options(warn=0)
on.exit(options(curWarn), add=TRUE)
if (require("hgu95av2.db")) {
z <- buildChromLocation("hgu95av2")
if (interactive()) {
curPar <- par(ask=TRUE)
on.exit(par(curPar), add=TRUE)
}
for (sc in c("max","relative"))
cPlot(z,c("1","5","10","X","Y"),sc)
} else print("This example can not be run without hgu95av2 data package")
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发表于 2012-2-25 18:55:05
