R语言 geneplotter包 cColor()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

cColor(geneplotter)
cColor()所属R语言包：geneplotter

                                        A function for marking specific probes on a cPlot.
                                         一个标记上cPlot特异性探针的功能。

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Given a set of probes, will highlight them in the color desired on a plot which has already been created via the function cPlot().
鉴于一套探针，在图上所需的颜色，这已经通过的功能cPlot（）创建的，他们将突出。


用法----------Usage----------


cColor(probes, color, plotChroms, scale=c("relative","max"), glen=0.4,
       ...)



参数----------Arguments----------

参数：probes
The probes that are being highlighted.
正在强调的探针。


参数：color
A vector of colors, recycled as necessary, to highlight the probes.
一个色彩的向量，回收必要的，突出的探针。


参数：plotChroms
An object of type chromLocation which contains all the gene information to be plotted.
一个对象的类型chromLocation其中包含要绘制所有的基因信息。


参数：scale
Whether to plot the graph scaled absolutely or relative by chromosome.  Default is absolute.
是否绘制图缩放染色体绝对或相对的。默认情况下是绝对的。


参数：glen
The length of the gene line plotted.
绘制基因线的长度。


参数：...
Additional graphics arguments, passed to segments, which is used to draw the vertical ticks.
额外的图形参数，传递给的segments，这是用来绘制垂直刻度线。


Details

详情----------Details----------

It is important to call the function cPlot() first.  This function will then search for the specific locations of the probes desired, which are contained within the plotChroms instance of a chromLocation class.  It will then pass these on to the plotting routine to highlight the desired locations.  NOTE:  It is important that plotChroms, scale and glen parameters are the same as used for cPlot().
重要的是要调用函数cPlot()第一。此功能将搜索所需的探针的具体位置，这是在plotChromschromLocation类的实例中。然后，它会传递到绘图程序，突出显示所需的位置。注：这一点很重要plotChroms，scale和glen参数是作为cPlot()使用的相同。


作者（S）----------Author(s)----------


Jeff Gentry



参见----------See Also----------

cPlot, chromLocation-class
cPlot，chromLocation-class


举例----------Examples----------


  if (require("hgu95av2.db")) {
    z <- buildChromLocation("hgu95av2")
    cPlot(z)
    probes <- c("266_s_at", "31411_at", "610_at", "failExample")
    cColor(probes, "red", z)
    probes2 <- c("960_g_at", "41807_at", "931_at", "39032_at")
    cColor(probes2, "blue", z)
  } else
    print("Need hgu95av2.db data package for the example")

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