R语言 genefu包 pik3cags()函数中文帮助文档(中英文对照)

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pik3cags(genefu)
pik3cags()所属R语言包：genefu

                                         Function to compute the PIK3CA gene signature (PIK3CA-GS)
                                         函数来计算PIK3CA基因签名（PIK3CA  -  GS）

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function computes signature scores from gene expression values following the algorithm used for the PIK3CA gene signature (PIK3CA-GS).
此函数计算从基因表达值的签名分数PIK3CA基因签名（的PIK3CA  -  GS）所使用的算法。


用法----------Usage----------


pik3cags(data, annot, do.mapping = FALSE, mapping, verbose = FALSE)



参数----------Arguments----------

参数：data
Matrix of gene expressions with samples in rows and probes in columns, dimnames being properly defined.  
矩阵中的行和列的探针样品的基因表达，dimnames被正确定义。


参数：annot
Matrix of annotations with at least one column named "EntrezGene.ID", dimnames being properly defined.  
矩阵至少有一列名为“EntrezGene.ID”的注释，dimnames被正确定义。


参数：do.mapping
TRUE if the mapping through Entrez Gene ids must be performed (in case of ambiguities, the most variant probe is kept for each gene), FALSE otherwise.  
TRUE如果通过Entrez基因ID的映射必须执行（含糊不清的情况下，每个基因保存最变种探针），FALSE否则。


参数：mapping
Matrix with columns "EntrezGene.ID" and "probe" used to force the mapping such that the probes are not selected based on their variance.  
列“EntrezGene.ID”和“探针”使用强制映射探针没有被选中，根据其方差矩阵。


参数：verbose
TRUE to print informative messages, FALSE otherwise.  
TRUE打印翔实的消息，FALSE否则。


值----------Value----------

Vector of signature scores for PIK3CA-GS
矢量PIK3CA-GS签名分数


作者（S）----------Author(s)----------



Benjamin Haibe-Kains




参考文献----------References----------



参见----------See Also----------

gene76
gene76


举例----------Examples----------


## load GGI signature[＃负载郡智签名]
data(sig.pik3cags)
## load NKI dataset[＃负载NKI日经指数集]
data(nkis)
## compute relapse score[＃计算复发评分]
pik3cags.nkis <- pik3cags(data=data.nkis, annot=annot.nkis, do.mapping=TRUE)
head(pik3cags.nkis)

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