map.datasets(genefu)
map.datasets()所属R语言包：genefu
Function to map a list of datasets through EntrezGene IDs in order to get the union of the genes
函数通过EntrezGene ID的映射为了得到工会的基因数据集列表
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
This function maps a list of datasets through EntrezGene IDs in order to get the union of the genes.
此功能的图通过EntrezGene标识数据集的列表，以获得工会的基因。
用法----------Usage----------
map.datasets(datas, annots, do.mapping = FALSE, mapping.coln = "EntrezGene.ID", mapping, verbose = FALSE)
参数----------Arguments----------
参数：datas
List of matrices of gene expressions with samples in rows and probes in columns, dimnames being properly defined.
名单中的行和列的探针在样品的基因表达矩阵，dimnames被正确定义。
参数：annots
List of matrices of annotations with at least one column named "EntrezGene.ID", dimnames being properly defined.
名单中至少有一列名为“EntrezGene.ID”注释矩阵，dimnames被正确定义。
参数：do.mapping
TRUE if the mapping through Entrez Gene ids must be performed (in case of ambiguities, the most variant probe is kept for each gene), FALSE otherwise.
TRUE如果通过Entrez基因ID的映射必须执行（含糊不清的情况下，每个基因保存最变种探针），FALSE否则。
参数：mapping.coln
Name of the column containing the biological annotation to be used to map the different datasets, default is "EntrezGene.ID".
含有的生物注解被用来对应不同的数据集的列名，默认为“EntrezGene.ID”。
参数：mapping
Matrix with columns "EntrezGene.ID" and "probe.x" used to force the mapping such that the probes of platform x are not selected based on their variance.
列“EntrezGene.ID”和“probe.x”使用强制映射等平台x探针没有被选中，根据其方差矩阵。
参数：verbose
TRUE to print informative messages, FALSE otherwise.
TRUE打印翔实的消息，FALSE否则。
Details
详情----------Details----------
In case of several probes representing the same EntrezGene ID, the most variant is selected if mapping is not specified. When a EntrezGene ID does not exist in a specific dataset, NA values are introduced.
最变种在代表相同EntrezGene ID的几个探针的情况下，如果mapping未指定选择。 ，当EntrezGene编号不存在，在一个特定的数据集，无值进行了介绍。
值----------Value----------
参数：datas
List of datasets (gene expression matrices)
数据集列表（基因表达矩阵）
参数：annots
List of annotations (annotation matrices)
注释列表（注释矩阵）
作者（S）----------Author(s)----------
Benjamin Haibe-Kains
举例----------Examples----------
## load VDX dataset[＃加载VDX的数据集]
data(vdxs)
## load NKI dataset[＃负载NKI日经指数集]
data(nkis)
## reduce datasets[＃减少数据集]
ginter <- intersect(annot.vdxs[ ,"EntrezGene.ID"], annot.nkis[ ,"EntrezGene.ID"])
ginter <- ginter[!is.na(ginter)][1:30]
myx <- unique(c(match(ginter, annot.vdxs[ ,"EntrezGene.ID"]),
sample(x=1:nrow(annot.vdxs), size=20)))
data2.vdxs <- data.vdxs[ ,myx]
annot2.vdxs <- annot.vdxs[myx, ]
myx <- unique(c(match(ginter, annot.nkis[ ,"EntrezGene.ID"]),
sample(x=1:nrow(annot.nkis), size=20)))
data2.nkis <- data.nkis[ ,myx]
annot2.nkis <- annot.nkis[myx, ]
## mapping of datasets[＃数据集的映射]
datas <- list("VDX"=data2.vdxs,"NKI"=data2.nkis)
annots <- list("VDX"=annot2.vdxs, "NKI"=annot2.nkis)
datas.mapped <- map.datasets(datas=datas, annots=annots, do.mapping=TRUE)
str(datas.mapped, max.level=2)
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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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发表于 2012-2-25 18:49:51
