R语言 genefu包 geneid.map()函数中文帮助文档(中英文对照)

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geneid.map(genefu)
geneid.map()所属R语言包：genefu

                                         Function to find the common genes between two datasets or a dataset and a gene list
                                         函数来找到两个数据集或数据集和一个基因列表之间的共同基因

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function allows for fast mapping between two datasets or a dataset and a gene list. The mapping process is performed using Entrez Gene id as reference. In case of ambiguities (several probes representing the same gene), the most variant probe is selected.
此功能允许两个数据集或数据集和一个基因列表之间的快速定位。作为参考使用Entrez基因ID映射过程。在含糊（代表相同的基因探针）的情况下，大多数的变种探针被选中。


用法----------Usage----------


geneid.map(geneid1, data1, geneid2, data2, verbose = FALSE)



参数----------Arguments----------

参数：geneid1
first vector of Entrez Gene ids. The name of the vector cells must be the name of the probes in the dataset data1.  
Entrez基因IDS的第一向量。向量单元的名称必须是数据集data1探针的名称。


参数：data1
First dataset with samples in rows and probes in columns. The dimnames must be properly defined.  
第一个数据集样品中的行和列的探针。必须正确定义的dimnames。


参数：geneid2
Second vector of Entrez Gene ids. The name of the vector cells must be the name of the probes in the dataset data1 if it is not missing, proper names must be assigned otherwise.  
第二向量Entrez基因IDS。向量单元的名称必须是中集data1如果它是不缺的，适当的名称，必须指定，否则的探针的名称。


参数：data2
First dataset with samples in rows and probes in columns. The dimnames must be properly defined. It may be missing.  
第一个数据集样品中的行和列的探针。必须正确定义的dimnames。它可能会丢失。


参数：verbose
TRUE to print informative messages, FALSE otherwise.  
TRUE打印翔实的消息，FALSE否则。


值----------Value----------


参数：geneid1
Mapped gene list from geneid1.
geneid1对应的基因列表。


参数：data1
Mapped dataset from data1.
从data1映射集。


参数：geneid2
Mapped gene list from geneid2.
geneid2对应的基因列表。


参数：data2
Mapped dataset from data2.
从data2映射集。


注意----------Note----------

It is mandatory that the names of geneid1 and geneid2 must be the probe names of the microarray platform.
它是强制性的名字geneid1和geneid2必须探针名称的芯片平台。


作者（S）----------Author(s)----------



Benjamin Haibe-Kains




举例----------Examples----------


## load NKI data[＃负载NKI日经指数数据]
data(nkis)
nkis.gid <- annot.nkis[ ,"EntrezGene.ID"]
names(nkis.gid) <- dimnames(annot.nkis)[[1]]
## load GGI signature[＃负载郡智签名]
data(sig.ggi)
ggi.gid <- sig.ggi[ ,"EntrezGene.ID"]
names(ggi.gid) <- as.character(sig.ggi[ ,"probe"])
## mapping through Entrez Gene ids of NKI and GGI signature[＃映射通过Entrez基因IDS NKI日经指数和GGI签名]
res <- geneid.map(geneid1=nkis.gid, data1=data.nkis,
  geneid2=ggi.gid, verbose=FALSE)
str(res)

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