topcaBIO.PATHGenes(GeneAnswers)
topcaBIO.PATHGenes()所属R语言包:GeneAnswers
Present top CABIO.PATH enrichment test information with genes
目前的顶部CABIO.PATH富集的基因测试信息
译者:生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Function to present top CABIO.PATH enichmentInfo of given GeneAnswers instance with genes.
与基因的功能来达到顶定GeneAnswers实例CABIO.PATH enichmentInfo。
用法----------Usage----------
topcaBIO.PATHGenes(x, catTerm = TRUE, keepID=TRUE, geneSymbol = TRUE, ...)
参数----------Arguments----------
参数:x
a given GeneAnswers instance with CABIO.PATH test
一个给定的GeneAnswers例如CABIO.PATH测试
参数:catTerm
logic value to determine whether mapping CABIO.PATH IDs to CABIO.PATH terms
逻辑值,以确定是否映射CABIO.PATH标识CABIO.PATH条款
参数:keepID
logic, to determine whether keep CABIO.PATH IDs
逻辑,以确定是否保持CABIO.PATH标识
参数:geneSymbol
logic value to determine whether mapping gene Entrez IDs to gene symbols
Entrez的标识是否映射基因,以确定基因符号的逻辑值
参数:...
other parameters to transfer to topCategoryGenes
其他参数转移到topCategoryGenes
Details
详情----------Details----------
See function topCategoryGenes help for details
功能topCategoryGenes帮助详情
值----------Value----------
print necessary information on the screen and save into a specified file if request.
打印在屏幕上的必要信息,并保存到指定的文件,如果请求。
作者(S)----------Author(s)----------
Gang Feng, Pan Du and Simon Lin
参考文献----------References----------
<h3>See Also</h3>
举例----------Examples----------
##x is a GeneAnswers instance with CABIO.PATH test[#x是一个GeneAnswers CABIO.PATH测试实例]
## Not run: topcaBIO.PATHGenes(x, geneSymbol=TRUE, orderby='pvalue', top=10, topGenes='ALL', genesOrderBy='pValue', file=TRUE)[#无法运行:topcaBIO.PATHGenes(X,geneSymbol = TRUE的OrderBy =pvalue“,顶部= 10,topGenes =ALL,genesOrderBy =pValue”文件= TRUE时)]
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注:
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