R语言 GeneAnswers包 saveGeneFunSummary()函数中文帮助文档(中英文对照)

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saveGeneFunSummary(GeneAnswers)
saveGeneFunSummary()所属R语言包：GeneAnswers

                                        save the summarized gene function as a tab-separated text file
                                         作为一个制表符分隔的文本文件保存汇总基因功能

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

save the summarized gene function as a tab-separated text file
作为一个制表符分隔的文本文件保存汇总基因功能


用法----------Usage----------


saveGeneFunSummary(geneFunSummarizeResult, simplifyInfo = NULL, addFDR = FALSE, species = "human", ID2Name = NULL, fileName = "geneSummarization.xls")



参数----------Arguments----------

参数：geneFunSummarizeResult
the output of geneFunSummarize function
geneFunSummarize函数的输出


参数：simplifyInfo
the output of simplifyGeneFunSummary function
simplifyGeneFunSummary函数的输出


参数：addFDR
whether add FDR information or not
是否附加FDR信息或不


参数：species
the species of the related ontology under test, which is used to convert the Entrez Gene ID as gene symbols
被测物种相关的本体论，它是用来作为基因符号转换Entrez基因ID


参数：ID2Name
a named vector of ontology IDs to ontology terms mapping
本体术语映射的本体标识的命名向量


参数：fileName
the file name to keep the summarized gene information
保持总结的基因信息的文件名


值----------Value----------

Invisibly return a data.frame of summarized gene function, which includes "geneID", "geneSymbol", "bestOntology", "enrichedOntology" and "allEvidence". The corresponding annotation scores are kept in the parenthesis behind the ontology IDs.
无形返回一个汇总数据框基因的功能，包括“geneID”，“geneSymbol的”，“bestOntology”，“enrichedOntology”和“allEvidence”。相应的注释分数保持在本体的ID背后的括号。


作者（S）----------Author(s)----------



Pan DU




参见----------See Also----------

See also geneFunSummarize
还可以看geneFunSummarize


举例----------Examples----------


        data(DO)
        geneSummary <- geneFunSummarize(c("5037","9314"), gene2DO.map, DO.graph.closure.gene)
        summaryInfo <- saveGeneFunSummary(geneSummary, fileName='geneSummarization.xls')
        summaryInfo

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