R语言 GeneAnswers包 plotGraph()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

plotGraph(GeneAnswers)
plotGraph()所属R语言包：GeneAnswers

                                        plot and render a graphNEL object
                                         绘制并呈现graphNEL的对象

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

plot and render a graphNEL object
绘制并呈现graphNEL的对象


用法----------Usage----------


plotGraph(graph, layoutAttrs = NULL, layoutNodeAttrs = NULL, layoutEdgeAttrs = NULL, nodeRenderAttrs = NULL, edgeRenderAttrs = NULL)



参数----------Arguments----------

参数：graph
a graphNEL object includes the ontology subgraph to plot
1 graphNEL对象包括本体子图绘制


参数：layoutAttrs
layoutAttrs used by the Rgraphviz function layoutGraph
的Rgraphviz功能layoutGraph layoutAttrs


参数：layoutNodeAttrs
layoutNodeAttrs used by the Rgraphviz function layoutGraph
的Rgraphviz功能layoutGraph layoutNodeAttrs


参数：layoutEdgeAttrs
layoutEdgeAttrs used by the Rgraphviz function layoutGraph
的Rgraphviz功能layoutGraph layoutEdgeAttrs


参数：nodeRenderAttrs
nodeRenderAttrs used by the graph function nodeRenderInfo
使用图形功能nodeRenderInfo nodeRenderAttrs


参数：edgeRenderAttrs
edgeRenderAttrs used by the graph function edgeRenderInfo
使用图形功能edgeRenderInfo edgeRenderAttrs


值----------Value----------

Invisibly return a list, which include following elements:
无形返回一个列表，其中包括下列要素：


参数：graph
a graphNEL object includes the ontology subgraph to plot
1 graphNEL对象包括本体子图绘制


参数：layoutAttrs
layoutAttrs used by the Rgraphviz function layoutGraph
的Rgraphviz功能layoutGraph layoutAttrs


参数：layoutNodeAttrs
layoutNodeAttrs used by the Rgraphviz function layoutGraph
的Rgraphviz功能layoutGraph layoutNodeAttrs


参数：layoutEdgeAttrs
layoutEdgeAttrs used by the Rgraphviz function layoutGraph
的Rgraphviz功能layoutGraph layoutEdgeAttrs


参数：nodeRenderAttrs
nodeRenderAttrs used by the graph function nodeRenderInfo
使用图形功能nodeRenderInfo nodeRenderAttrs


参数：edgeRenderAttrs
edgeRenderAttrs used by the graph function edgeRenderInfo
使用图形功能edgeRenderInfo edgeRenderAttrs

These invisibly return information can be used as the input of function plotGraph.
这些无形回报的信息，可以作为输入的功能plotGraph。


作者（S）----------Author(s)----------



Pan DU




参见----------See Also----------

See Also plotOntologyGraph
另见plotOntologyGraph


举例----------Examples----------


        library(graph)
        data(DO)
        geneSummary <- geneFunSummarize('4267', gene2DO.map, DO.graph.closure.gene)[[1]]
        pValue <- sapply(geneSummary$sigOntoInfo, function(x) x$pValue)
        tmp <- plotOntologyGraph(pValue, geneSummary$allEvidence, DO.graph.gene, onto.graph.closure=DO.graph.closure.gene, ID2Name=DO.terms, p.value.th=0.001)
        # modify the graph[修改图]
        tmpGraph <- tmp$graph
        nn <- nodes(tmpGraph)
        # remove a node in the graph[在图中删除节点]
        tmpGraph <- subGraph(nn[nn != 'DOID:3347'], tmpGraph)
        tmpGraph <- addEdge("DOID:1115", "DOID:3376", tmpGraph, 2)
        edgeRenderAttrs <- tmp$edgeRenderAttrs
        edgeRenderAttrs$lty <- c(edgeRenderAttrs$lty, "DOID:1115~DOID:3376"="dashed")
        plotGraph(tmpGraph, layoutAttrs=tmp$layoutAttrs, nodeRenderAttrs=tmp$nodeRenderAttrs, edgeRenderAttrs=edgeRenderAttrs, layoutNodeAttrs=tmp$layoutNodeAttrs, layoutEdgeAttrs=tmp$layoutEdgeAttrs)

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注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。