getTotalGeneNumber(GeneAnswers)
getTotalGeneNumber()所属R语言包：GeneAnswers
Obtain the total number of genes in the given annotation library
在给定的注释库中获得的基因总数
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
A function to Obtain the total number of genes in the given annotation library.
函数在给定的注释库中获取的基因总数。
用法----------Usage----------
getTotalGeneNumber(categoryType=c('GO', 'GO.BP', 'GO.CC', 'GO.MF', 'DOLITE', 'KEGG', 'REACTOME.PATH', 'CABIO.PATH'), known=TRUE, annotationLib=c('org.Ag.eg.db', 'org.Bt.eg.db', 'org.Ce.eg.db', 'org.Cf.eg.db', 'org.Dm.eg.db',
'org.Dr.eg.db', 'org.EcK12.eg.db', 'org.EcSakai.eg.db', 'org.Gg.eg.db', 'org.Hs.eg.db', 'org.Mm.eg.db', 'org.Mmu.eg.db', 'org.Pt.eg.db', 'org.Rn.eg.db',
'org.Ss.eg.db', 'org.Xl.eg.db', 'org.At.tair.db', 'org.Pf.plasmo.db', 'org.Sc.sgd.db'))
参数----------Arguments----------
参数：categoryType
name of given annotation category or NULL for user provided annotation list.
名称标注类别或NULL为用户提供了注解列表。
参数：known
logic, specify only known annotation gene enrichment test.
逻辑，指定唯一已知的注释基因的富集试验。
参数：annotationLib
name of given annotation library file or user provided annotation list.
注释库文件或用户名称提供了注解列表。
Details
详情----------Details----------
categoryType could be one of "GO", "GO.BP", "GO.CC", "GO.MF", "DOLITE", "KEGG", "REACTOME.PATH" and "CABIO.PATH".
categoryType可能是一个“GO”，“GO.BP”，“GO.CC”，“GO.MF”，“DOLITE”，“KEGG”，“REACTOME.PATH”和“ CABIO.PATH“。
annotationLib could be one of "org.Ag.eg.db", "org.Bt.eg.db", "org.Ce.eg.db", "org.Cf.eg.db", "org.Dm.eg.db", "org.Dr.eg.db", "org.EcK12.eg.db", "org.EcSakai.eg.db", "org.Gg.eg.db", "org.Hs.eg.db", "org.Mm.eg.db", "org.Mmu.eg.db", "org.Pt.eg.db", "org.Rn.eg.db", "org.Ss.eg.db", "org.Xl.eg.db", "org.At.tair.db", "org.Pf.plasmo.db" and "org.Sc.sgd.db". However, if caegoryType is set to "REACTOME.PATH", only 'org.At.tair.db'(516), 'org.Ce.eg.db'(627), 'org.Dm.eg.db'(686), 'org.EcK12.eg.db'(185), 'org.EcSakai.eg.db'(185), 'org.Gg.eg.db'(840), 'org.Hs.eg.db'(1019), 'org.Mm.eg.db'(900), 'org.Pf.plasmo.db'(308), 'org.Rn.eg.db'(883) and 'org.Sc.sgd.db'(473) are available. Since DOLITE is designed for human being, currently only 4051 genes are annotated in Disease Ontology. Other species could be mapped to homologous genes by getHomoGeneIDs.
annotationLib可能是一个“org.Ag.eg.db”，“org.Bt.eg.db”，“org.Ce.eg.db”，“org.Cf.eg.db”，“ ; org.Dm.eg.db“，”org.Dr.eg.db“，”org.EcK12.eg.db“，”org.EcSakai.eg.db“，”org.Gg.eg DB“，”org.Hs.eg.db“，”org.Mm.eg.db“，”org.Mmu.eg.db“，”org.Pt.eg.db“，” org.Rn.eg.db“，”org.Ss.eg.db“，”org.Xl.eg.db“，”org.At.tair.db“，”org.Pf.plasmo。 DB“和”org.Sc.sgd.db“。然而，如果caegoryType设置为“REACTOME.PATH”，只有“org.At.tair.db”（516），“org.Ce.eg.db”（627），“org.Dm.eg.db” （686），“org.EcK12.eg.db”（185），“org.EcSakai.eg.db”（185），“org.Gg.eg.db”（840），“org.Hs.eg. DB“（1019），”org.Mm.eg.db“（900），”org.Pf.plasmo.db“（308），”org.Rn.eg.db“（883）和org.Sc.” sgd.db“（473）可供选择。由于DOLITE为人类设计的，目前只有4051个基因是在疾病本体注释。可以映射其他物种同源的基因getHomoGeneIDs。
If known is set to TRUE, the enrichment test only considers the genes with annotation. If FALSE, the total number of genes in that species will be returned.
如果已知被设置为TRUE，浓缩试验只考虑与注释的基因。如果为FALSE，该物种的基因总数将被退回。
值----------Value----------
A number of total genes.
基因总数。
作者（S）----------Author(s)----------
Gang Feng, Pan Du and Simon Lin
参考文献----------References----------
<h3>See Also</h3>
举例----------Examples----------
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注：
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注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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发表于 2012-2-25 18:40:34
