R语言 GeneAnswers包 getConnectedGraph()函数中文帮助文档(中英文对照)

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getConnectedGraph(GeneAnswers)
getConnectedGraph()所属R语言包：GeneAnswers

                                         build and display a network for given IDs
                                         建立并显示一个给定的ID网络

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

A function to build and display a network by different show types for given IDs and interaction Matrix with specified filtered IDs.
一个功能，建立和显示不同的节目类型的网络ID和互动矩阵与指定过滤的ID。


用法----------Usage----------


getConnectedGraph(graphIDs, idType=c('GO', 'GO.BP', 'GO.CC', 'GO.MF', 'GeneInteraction', 'Customized'), edgeM=NULL, limitedLayers=FALSE, layers=6, treeMergeFilter=FALSE,
                                                searchAll=FALSE, showAllNodes=FALSE, directed=FALSE, direction=c('up', 'down', 'both'), filterGraphIDs=NULL, filterLayer=1, verbose=TRUE, ...)



参数----------Arguments----------

参数：graphIDs
a character vector for given IDs  
一个给定的ID的特征向量


参数：idType
type of IDs, could be one of 'GO', 'GO.BP', 'GO.CC', 'GO.MF', 'GeneInteraction' and 'Customized'   
ID的类型，可能是GO，GO.BP，GO.CC，GO.MF，GeneInteraction“和”定制“


参数：edgeM
a 2-column Matrix representing a network   
2列的矩阵网络


参数：limitedLayers
logic, user specified layers to stop search
逻辑，用户指定的层停止搜索


参数：layers
an integer, specify how many layers will be retrieved.  
一个整数，指定将检索多少层。


参数：treeMergeFilter
logic, determine whether apply filterGraphIDs during searching a merged tree, see details
逻辑，决定是否适用于在filterGraphIDs寻找合并树，查看详细信息


参数：searchAll
logic, determine whether search all nodes
逻辑，确定是否搜索所有节点


参数：showAllNodes
logic, determine whether show all nodes based on searching result
逻辑，确定是否显示在搜索结果的基础上的所有节点


参数：directed
logic, the network is a directed or not
逻辑，网络是一个定向或不


参数：direction
search direction, it could be 'up', 'down' and 'both'. Valid for directed network only.
搜索方向，它可能是“”，“下”和“都”。仅向网络有效。


参数：filterGraphIDs
a chacater vector for filtered IDs or a 2- or 3-column matrix for extra values.
为筛选ID或2 chacater向量 - 或3列矩阵的附加价值。


参数：filterLayer
an integer, specify where filterGraphIDs are applied.  
一个整数，指定应用filterGraphIDs的。


参数：verbose
logic, specify to show information or not.
逻辑，指定或不显示信息。


参数：...
other parameters used by 'buildNet'   
使用buildNet“的其他参数


Details

详情----------Details----------

Currently, if idType is 'GO', 'GO.BP', 'GO.CC' or 'GO.MF', edgeM will be ignore.
目前，edgeM，如果idType被GO，GO.BP，GO.CC“或”GO.MF“，将被忽略。

edgeM is a 2-column matrix. For directional connection, the direction is from column 1 elements to column 2 elements. For non-directional connection, each connection should be reversely presented twice, one is from column 1 element to column 2 element, while another is from column 2 element to column 1 element. In other words, non-directional connection is considered as two reverse directional connections.
edgeM是一个2列的矩阵。定向连接，方向是从1列2列元素的元素。对于非定向的连接，每个连接反应提出两次，一个是从1元列第2列元素，而另一个是从第2列元素1列元素。换句话说，非定向的连接被视为两个相反方向的连接。

filterGraphIDs are applied only at the filterLayer and more outer layers. This means the nodes between the filterLayer layer and the most external layer belong to the filterGraphIDs. The nodes between given graphIDs and the (filterLayer-1) layer are or are not from filterGraphIDs, but those nodes not in filterGraphIDs should be able to be finally connected by given graphIDs and filterGraphIDs.
filterGraphIDs只适用于在filterLayer和更外层。这意味着节点之间的filterLayer层和最外层属于该filterGraphIDs的。在节点之间给予graphIDs（filterLayer-1）层或从filterGraphIDs的，但应该能够给予graphIDs和filterGraphIDs最终连接这些节点不filterGraphIDs。

The function at first searches a merged tree based on given IDs. During searching, filterGraphIDs could be applied if 'treeMergeFilter' is set to TRUE. If a merged tree is found, searching process stops unless 'searchAll' is set to TRUE. However, 'limitedLayers' is set to TRUE, searching process also stops when searching layers reach 'layers'. Only all filterGraphIDs specified nodes as well as given nodes will be displayed if 'showAllNodes' is set to FALSE, or all connected nodes will be displayed.
在合并后的树首先根据给定的ID搜索功能。在搜寻过程中，如果“treeMergeFilter”设置为TRUE，可以应用于filterGraphIDs。如果合并后的树发现，搜索过程停止，除非searchAll“设置为TRUE。然而，“limitedLayers”设置为TRUE，寻找的过程也将停止寻找层时达到“层次”。只有所有指定的节点以及节点filterGraphIDs将显示，如果showAllNodes“设置为FALSE，或将显示所有连接的节点。

See buildnet for network layout.
见网络布局buildnet。


值----------Value----------

invisibly return a list containing elements to represent a network.
无形返回一个列表，其中包含的元素代表一个网络。


作者（S）----------Author(s)----------


Gang Feng, Pan Du and Simon Lin



参考文献----------References----------

<h3>See Also</h3>

举例----------Examples----------


require(GeneAnswers)
example(GeneAnswers)
filterM <- cbind(rownames(getEnrichmentInfo(x)), -log2(getEnrichmentInfo(x)[,7]), getEnrichmentInfo(x)[,1])
## Not run: getConnectedGraph(rownames(getEnrichmentInfo(x))[c(1:5)],  filterGraphIDs=filterM,  output='fixed', directed=TRUE, direction='up', showAllNodes=T, searchAll=T)[＃运行：getConnectedGraph（rownames（getEnrichmentInfo（X））[C（1:5），filterGraphIDs = filterM，输出=固定，定向= TRUE，方向=起来，showAllNodes = T，searchAll = T）]

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