R语言 GeneAnswers包 geneConceptNet()函数中文帮助文档(中英文对照)

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geneConceptNet(GeneAnswers)
geneConceptNet()所属R语言包：GeneAnswers

                                         Generate Concept-gene network
                                         产生概念的基因网络

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Function to generate concept-gene network based on given list.
函数来生成基于给定列表的概念，基因网络。


用法----------Usage----------


geneConceptNet(inputList, lengthOfRoots=NULL, inputValue = NULL, centroidSize = "geneNum", output = c("fixed", "interactive", "none"), colorMap=NULL, bgColor='#ffffff', matchMode=c('absolute', 'relative'), zeroColorIndex=NULL, verbose=FALSE, symmetry=TRUE)



参数----------Arguments----------

参数：inputList
a character list to generate concept-gene network. Names of the list are concepts.  
字符列表生成概念的基因网络。列表中的名称是概念。


参数：lengthOfRoots
an integer, how many first elements could be root nodes.  
一个整数，多少的第一要素，可能是根节点。


参数：inputValue
NULL or a numeric vector to be used for color of nodes.  
NULL或一个数值向量节点颜色。


参数：centroidSize
'geneNum' or a numeric vector to specify the size of concept nodes.  
“geneNum”或指定一个数值向量的概念节点的大小。


参数：output
type to specify output figure types  
键入指定输出数字类型


参数：colorMap
a R compatible color character vector, or NULL by embedded color scheme.  
一个R兼容的彩色特征向量，或NULL嵌入式配色方案。


参数：bgColor
a R compatible color, default is '#ffffff' (white)
一个R兼容的颜色，默认为“＃FFFFFF”（白色）


参数：matchMode
the mode of values matching colors, valid only if inputValue is not NULL, see details
值配色模式，有效的，只有当inputValue不为NULL，查看详细信息


参数：zeroColorIndex
index of color corresponding to zero, see details
对应于零的显色指数，查看详细信息


参数：verbose
logic, determine whether show messages
逻辑，确定是否显示消息


参数：symmetry
logic, determine whether positive and negative values use the same color level.
逻辑，确定正面和负面的价值观是否使用相同的色彩层次。


Details

详情----------Details----------

The color of gene nodes could be specified by inputValue. Its length should be same as the total number of unique genes in inputList. There are two type of color matching methods. 'absolute' means, given zeroColorIndex that is color index in the colorMap for value 0, any value more than 0 will be matched to color between zeroColorIndex and the last one in colorMap based on the ratio of the value tothe maximum of the inputValue, while the value less than 0 will be matched to color between the first color in colorMap and zeroColorIndex, also based on the ratio of the value to the minimum of the inputValue. 'relative' means, set the first and last colors in colorMap to minimum and maximum of the inputValue, respectively, then any value between them will be mapped. If colorMap is set to NULL, the default color scheme will be applied. If the matching method is 'absolute', the color of 0 or the median of inputValue for 'relative' method, is set by bgColor, default value is '#ffffff' (white). The most positive value is represented as '#ff0000' (red), '#00ff00' (green) for the most negative value.
可以由inputValue指定颜色的基因节点。它的长度应该是中独特基因inputList的总数相同。配色的方法有两种类型。 “绝对”的手段，给予zeroColorIndex是在colormap色指数为0值，任何价值超过0将匹配之间zeroColorIndex和基于价值带来更多更棒最大的inputValue比在colormap中的最后一个颜色，而小于0的值将被匹配颜色之间的颜色也到最低的inputValue的价值的比例为基础，在Colormap和zeroColorIndex的第一。 “相对”的意思，在colormap中的第一个和最后一个颜色设置最小和最大的inputValue，分别，然后将映射到它们之间的任何值。如果colormap的设置为NULL，默认的配色方案将被应用。如果匹配的方法是“绝对”，为0的颜色或“相对”的方法inputValue的中位数，是BGCOLOR设置，默认值是“＃FFFFFF”（白色）。最积极的值表示为“＃FF0000”（红色），＃00FF00（绿色）为最负值。

There are two types of output figures. "Fixed" means a network will be drawn on a regular R canvas, while "interactive" will generate a tck/tk canvas. Users can adjust nodes on it by mouse. "none" means no graphics output and return the attributes of vertices and edges.
有两种类型的输出数字。 “固定”是指将网络上绘制定期ŕ画布，而“互动”，将产生一个TCK / TK的画布。用户可以通过鼠标调整它的节点。 “无”是指没有图形输出和返回的顶点和边的属性。


值----------Value----------

a concept-gene network is generated. A 3-element (1st one: igraph object; 2nd one: a dataframe for vertices attributes; 3rd one: a dataframe for edge attributes) list is returned when output is set to "none".
产生一个概念，基因网络。 3元（一日一：IGRAPH对象; 2：dataframe顶点属性;第三一：一个边缘属性dataframe）名单返回时，输出设置为“无”。


作者（S）----------Author(s)----------


Gang Feng, Pan Du and Simon Lin



参考文献----------References----------

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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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