geneAnnotationHeatmap(GeneAnswers)
geneAnnotationHeatmap()所属R语言包：GeneAnswers
Make a concept-gene cross tabulation
使基因的概念，交叉制表
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Function to make a concept-gene cross tabulation
功能，使一个概念基因交叉制表
用法----------Usage----------
geneAnnotationHeatmap(annotationList, dataMatrix = NULL, addGeneLabel = TRUE, colorMap = c("#000000", "#FFFFFF"), sortBy = "both", standardize.data = TRUE, colorMap.data = "GBR", showGeneMax = 200, sortBy.data = "row", mar = c(1, 1, 8, 6), cex.axis = c(0.8, 0.8), mapType = c("table", "heatmap"), displayAll=FALSE, symmetry=FALSE, colorBar=FALSE, colorBarLabel=NULL)
参数----------Arguments----------
参数：annotationList
a list of annotation to gene mapping.
基因图谱的注释列表。
参数：dataMatrix
a 2-dimensional numeric matrix. If it is provided, it will be plot side by side with the annotation heatmap.
一个2维的数字矩阵。如果它提供的，这将是积方方与注释热图。
参数：addGeneLabel
logic, indicate whether add gene labels
逻辑，表明是否添加基因标签
参数：colorMap
vector to specify color map of the two-color annotation heatmap
矢量指定颜色的两色的注解热图图
参数：sortBy
string to specify whether to sort the annotation matrix by row, column, both row and column or none of them
字符串指定是否要排序的行，列，行和列或没有标注矩阵
参数：standardize.data
logic, specify whether to standardize the dataMatrix by row~~
逻辑，指定是否规范行的DataMatrix~
参数：colorMap.data
string to specify color map of the dataMatrix heatmap
字符串来指定颜色的DataMatrix热图图
参数：showGeneMax
an integer, the maximum of gene number to show genes id or symbol on the heatmap
一个整数，最大的基因数目，显示基因ID或符号的热图
参数：sortBy.data
string to specify whether to sort the dataMatrix by row, column, both row and column or none of them
字符串指定是否要排序由行，列，行和列或没有的DataMatrix
参数：mar
integer vector to speicify margin of the plot
整数向量speicify保证金的图
参数：cex.axis
integer vector to specify the character size of row and column labels
整数向量的行和列标签指定的字符大小
参数：mapType
string to specify concept-gene map type
指定的概念基因图谱类型的字符串
参数：displayAll
logic, specify to show all of gene expression profile or remove redundant entries.
逻辑，指定显示所有基因表达谱或删除冗余项。
参数：symmetry
logic, indicate the values corresponding to two extreme colors are same if TURE.
逻辑，表明两个极端的颜色对应的值是相同的，如果TURE。
参数：colorBar
logic, show colorbar or not
逻辑，显示彩条或不
参数：colorBarLabel
character vector to show color bar label.
矢量字符显示彩条标签。
Details
详情----------Details----------
This function basically generates two maps in one canvas. Left side is a heatmap based on given expression matrix. Right side is a concept-gene map, which could be represented as two-color heatmap or table, depends on parameter "mapType".
此功能基本上在一个画布中生成的两个图。左侧是在给定的表达矩阵为基础的热图。右侧是一个概念，基因图谱，可作为两色热图或表代表，取决于参数“mapType”的。
值----------Value----------
The function will generate a map without return value.
该函数将产生一个没有返回值的图。
作者（S）----------Author(s)----------
Pan Du, Gang Feng and Simon Lin
参考文献----------References----------
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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。
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发表于 2012-2-25 18:36:59
