R语言 gage包 readList()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

readList(gage)
readList()所属R语言包：gage

                                         Read in gene set data as a named list
                                         在基因组数据读取一个名为名单

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function reads in gene set data in GMT (.gmt) format as a named list. GMT is defined originally by GSEA program. The code may be slightly revised for reading in gene set data in other tab-delimited formats too.
此功能作为命名的名单在GMT（GMT）格式的基因组数据读取。时间的定义最初是由GSEA程序。代码可能会被阅读过其他制表符分隔的格式，在基因组数据的轻微修订。


用法----------Usage----------


readList(file)



参数----------Arguments----------

参数：file
character string, the full path name to the gene set data file in GMT format.  </table>
字符串，基因组数据GMT格式的文件的完整路径名。 </ TABLE>


值----------Value----------

A named list, each element is a character vector giving the gene IDs of a gene set.
命名的列表，每个元素是一个字符给一个基因组的基因标识的向量。


作者（S）----------Author(s)----------



Weijun Luo &lt;luo_weijun@yahoo.com&gt;




参考文献----------References----------

Generally Applicable Gene Set Enrichment for Pathways Analysis. BMC Bioinformatics 2009, 10:161

参见----------See Also----------

readExpData read in gene expression data
readExpData在基因表达数据读取


举例----------Examples----------


#an example GMT gene set data derived from MSigDB data[一个例子GMT MSigDB数据所得的基因组数据]
filename=system.file("extdata/c2.demo.gmt", package = "gage")
demo.gs=readList(filename)
demo.gs[1:3]
#to use these gene sets with gse16873, need to convert the gene symbols[使用与gse16873这些基因集，需要转换的基因符号]
#to Entrez IDs first[Entrez的ID的第一]
data(egSymb)
demo.gs.sym<-lapply(demo.gs, sym2eg)
demo.gs.sym[1:3]

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