R语言 gage包 eg2sym()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

eg2sym(gage)
eg2sym()所属R语言包：gage

                                         Conversion between Entrez Gene IDs and official gene symbols for human genes.
                                         Entrez基因ID和人类基因的官方基因符号之间的转换。

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

These functions convert Entrez Gene IDs to official gene symbols for human genes, or vise versa.
这些功能转换Entrez基因标识的官方基因符号的人类基因，或反之亦然。


用法----------Usage----------


eg2sym(eg)
sym2eg(sym)



参数----------Arguments----------

参数：eg
character vector for Entrez Gene IDs (human genes only).  
Entrez基因标识（人类基因）的特征向量。


参数：sym
character vector for official gene symbols (human genes only).  
官方基因符号（人类基因）的特征向量。


Details

详情----------Details----------

Currently, only conversion for human genes are supported. Notice that some gene symbols are not official, hence not recognized and NA will be returned in such cases.
目前，只有人类基因转换支持。请注意，一些基因符号是不是官方的，因此不承认，不适用在这种情况下，将返回。


值----------Value----------

A character vector giving the converted official gene symbols or Entrez IDs.
一个特征向量，转换的官方基因符号或Entrez的标识。


作者（S）----------Author(s)----------



Weijun Luo <luo_weijun@yahoo.com>




参考文献----------References----------

Generally Applicable Gene Set Enrichment for Pathways Analysis. BMC Bioinformatics 2009, 10:161

参见----------See Also----------

egSymb mapping data between Entrez Gene IDs and official symbols; readList read in gene set list
egSymbEntrez基因标识和官方符号之间的映射数据;readList阅读基因组列表


举例----------Examples----------


#genes in gse16873 was label by Entrez IDs[由Entrez的标识基因在gse16873是标签]
data(gse16873)
head(rownames(gse16873))
#may convert the gene IDs to official symbols[可转换基因标识官方符号]
gse16873.sym<-gse16873
data(egSymb)
rownames(gse16873.sym)<-eg2sym(rownames(gse16873.sym))
head(rownames(gse16873.sym))

#convert kegg.gs correspondingly[转换kegg.gs相应]
data(kegg.gs)
kegg.gs.sym<-lapply(kegg.gs, eg2sym)
lapply(kegg.gs.sym[1:3],head)
#GAGE analysis with the converted data[转换后的数据与压力计分析]
cn=colnames(gse16873)
hn=grep('HN',cn, ignore.case =TRUE)
dcis=grep('DCIS',cn, ignore.case =TRUE)
gse16873.kegg.p2 <- gage(gse16873.sym, gsets = kegg.gs.sym,
    ref = hn, samp = dcis)

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