R语言 frmaTools包 makeVectorPackage()函数中文帮助文档(中英文对照)

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makeVectorPackage(frmaTools)
makeVectorPackage()所属R语言包：frmaTools

                                        makeVectorPackage
                                         makeVectorPackage

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Make a package containing the vectors used by the frma package. If you don't plan to distribute and maintain this set of vectors, consider using either makeVectorsAffyBatch or makeVectorsExonFeatureSet instead.
做一个包，包含用于由frma包的向量。如果你不打算分发和维护这组向量，考虑代替使用无论是makeVectorsAffyBatch或makeVectorsExonFeatureSet的。


用法----------Usage----------


  makeVectorPackage(files, batch.id, version, maintainer, species,
annotation, packageName, background="rma", normalize="quantile", normVec=NULL,
type="AffyBatch", target=NULL, file.dir=".", output.dir=".", unlink=TRUE, verbose=TRUE)
  makeVectorsAffyBatch(files, batch.id, background="rma",
normalize="quantile", normVec=NULL, cdfname=NULL, file.dir=".", verbose=TRUE)
  makeVectorsExonFeatureSet(files, batch.id, target, pkgname,
background="rma", normalize="quantile", normVec=NULL, file.dir=".", verbose=TRUE)



参数----------Arguments----------

参数：files
the CEL file names from which to create the vectors
CEL的文件名，从中创建向量


参数：batch.id
a vector of batch ids used to compute within and between batch variances
批内和之间差异来计算的批次ID向量


参数：background
type of background correction to perform: either "none" or "rma".
背景校正执行：无论是“无”或“RMA”的类型。


参数：normalize
type of normalization to perform: either "none" or "quantile".
执行的规范化的类型：要么“没有”或“分量”。


参数：normVec
normalization vector. If NULL, a normalization vector is created based on the given CEL files. Ignored if normalize is "none".
标准化的向量。如果为NULL，归一化向量CEL文件的基础上创建的。如果标准化忽视的是“没有”。


参数：annotation
the "cdfname" or "pkgname" to be passed to either makeVectorsAffyBatch or makeVectorsExonExpressionSet depending on the value of "type".
的“cdfname”或的“PKGNAME”被传递到根据的“类型”的值要么makeVectorsAffyBatch或makeVectorsExonExpressionSet。


参数：cdfname
used to specify the name of an alternative cdf package. Passed to the ReadAffy function. If set to "NULL", then the usual cdf package based on Affymetrix's mappings will be used.
用于指定替代的CDF包的名称。传递给ReadAffy功能的。如果设置为“空”，然后根据Affymetrix公司的映射，通常CDF包将被使用。


参数：pkgname
alternative data package to be loaded. Passed to the read.celfiles function. If set to "NULL", then the default package will be used.
替代数据包被加载。传递的read.celfiles功能。如果设置为“空”，则默认的包将被使用。


参数：target
summarization level for exon arrays. Must be one of: probeset, core, full, extended.
外显子阵列的概括水平。必须是一个probeset，核心，全面，扩展。


参数：packageName
name of the package to be created
要创建的软件包的名称


参数：version
the version number of the package to be created
要创建的软件包的版本号


参数：maintainer
typically your name
通常你的名字


参数：species
species of samples in object
种样品中对象


参数：type
the type of data object to be loaded. Must be one of: AffyBatch, ExonFeatureSet.
要加载的数据类型的对象。必须的一个：AffyBatch，ExonFeatureSet的。


参数：file.dir
directory in which the CEL files are located
CEL文件位于目录


参数：output.dir
directory in which to create the package
目录中创建包


参数：unlink
logical value. If TRUE and output.dir already contains a file or directory with the same name as the package being generated, then try to unlink (remove) it.
逻辑值。如果TRUE和output.dir已经包含了正在生成的包的名称相同的文件或目录，然后尝试的unlink（删除）。


参数：verbose
logical value. If TRUE then some messages are displayed while the function runs
逻辑值。如果为TRUE，而一些消息显示功能运行


值----------Value----------

The makeVectorPackage function creates a package with the name <array platform>frmavecs. For example if the files are HGU133a arrays, the package would be called hgu133afrmavecs.
在的makeVectorPackage函数创建与的的名称<array platform> frmavecs的的一个包。例如，如果文件是HGU133a阵列，包会被称为hgu133afrmavecs。

The makeVectors functions create a list with 6 elements:
makeVectors功能创建6个元素的列表：


作者（S）----------Author(s)----------


Matthew N. McCall



举例----------Examples----------


## assuming the celfiledir points to a directory with 9 CEL files[＃假设celfiledir分，9 CEL文件目录]
## this takes a long time[＃这需要很长一段时间]
## Not run: [＃无法运行：]
  vecs <- makeVectorsAffyBatch(celfiledir, batch.id=rep(1:3, each=3))

## End(Not run)[＃结束（不运行）]

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