R语言 flowPlots包 GroupListBoxplot()函数中文帮助文档(中英文对照)

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GroupListBoxplot(flowPlots)
GroupListBoxplot()所属R语言包：flowPlots

                                        A Boxplot Function With Embedded Statistical Tests for Comparing Groups
                                         一个功能比较组与嵌入式统计测试盒形图

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

A function which creates boxplots side-by-side, with points overlaid, to compare groups.   Group sizes and p-values from tests comparing groups can be printed on the plot.  
函数创建盒形端侧，与点重叠，比较组。可印上的图集团的大小和测试比较组的p值。


用法----------Usage----------


   GroupListBoxplot(dataList, ymaxBoxplot=NA,addToYmax2=.2,addToYmax1=.1,boxWidth=.10,boxColor=8,
    boxOutliers=TRUE,groupColorVector=c(2,4,5,6,7,9,3,10,11,8,1),boxlty=1,boxlwd=1,
    medlty=1,medlwd=3,medpch=NA, medcex=NA, legendInclude=TRUE,
    legendGroupNames=paste("Group ", 1:length(dataList),sep=""),legendX=NA,legendY=NA,legendCEX=1,
    legendPCH=1,legendColors=1:length(legendGroupNames),legendLTY=NA,legendLWD=NA,legendTitle=NA,
    legendPoints=TRUE,legendLines=FALSE,printPoints=TRUE,pointChar=1,pointCEX=1,
    pointColor=1:length(legendGroupNames),pointJitter=.25,mainTitle="Boxplots", mainTitleCEX=1,
    mainTitleFont=1,mainTitleLine=1,testTitleCEX=1,testTitleFont=1,testTitleLine=0,xlabel="X Axis",
    ylabel="Y Axis",xylabelsCEX=1,xylabelsFont=1,xAxisLabels=NA,xAxisCEX=1, xAxisFont=1,
    xAxisRotation=1,xMtext="",xMtextCEX=1,xMtextFont=1,xAtMtext=0,yAxisCEX=1,yAxisFont=1,
    yAxisRotation=1,plotBoxLWD=1,testsRoundDigits=2,pCEX=1,pFont=1,yP=NA,pvalueLabel="p",
    betweenGroupTestsCompute=TRUE,pairedGroups=FALSE,printNs=TRUE,nCEX=1,nFont=1,yN=NA)



参数----------Arguments----------

参数：dataList
A list of data frames.  Each data frame contains the data for a group.  Each  column in the data frame represents a time point or category point on the plot.
一个数据框的列表。每个数据框包含的数据为一组。在数据框中的每一列代表一个时间点或类别上的图点。


参数：ymaxBoxplot
ymax for the boxplot will be set by R's boxplot() fcn, unless set here,  default=NA  
YMAX的盒形图将设置由R的盒形图（）FCN，除非在这里设置，默认值=不适用


参数：addToYmax2
this value is added to ymax if printing p-vals and N's, default=.2  
如果打印P-丘壑和N的默认值= 0.2，该值被添加到YMAX


参数：addToYmax1
this value is added to ymax if only printing p-vals or N's, default=.1
如果只打印P-丘壑或N = 0.1，默认这个值被添加到YMAX


参数：boxWidth
width of the box, default=.10  
框，默认的宽度= 0.10


参数：boxColor
color of the box, default=8  
颜色框，默认= 8


参数：boxOutliers
print or suppress outlier points on the plot, default=TRUE  
打印或抑制离群点上的图，默认= TRUE，


参数：groupColorVector
Vector of unique colors for a set of up to 11 groups, default=c(2,4,5,6,7,9,3,10,11,8,1)
矢量高达11组的一套独特的颜色，默认= C（2,4,5,6,7,9,3,10,11,8,1）


参数：boxlty
Box outline type, default=1
框轮廓类型，默认= 1


参数：boxlwd
Box outline width, default=1
框轮廓的宽度，默认= 1


参数：medlty
median line type, default=1
中线类型，默认= 1


参数：medlwd
median line width, default=3
中间线的宽度，默认= 3


参数：medpch
median point character, default=NA
中点字符，缺省值=不适用


参数：medcex
median point size expansion, default=NA
中位数点规模的扩大，默认值=不适用


参数：legendInclude
Print legend on plot, default=TRUE  
打印传说图，默认= TRUE，


参数：legendGroupNames
names to use in the legend items, default=paste("Group ", 1:length(dataList),  sep="")  
使用传说中的项目名称，默认值=粘贴（“集团”，1：长度（DataList控件），SEP =“”）


参数：legendX
legend X location, default=NA  
传说中的X位置，默认值=不适用


参数：legendY
legend Y location, default=NA
传说Y位置，默认值=不适用


参数：legendCEX
point size for legend text, default=1  
传说中的文本，默认= 1的点的大小


参数：legendPCH
symbol or character to print next to legend names, default=1
打印传说名称旁边的符号或字符，默认值= 1


参数：legendColors
colors of the points or lines next to the legend names,  default=1:length(legendGroupNames)  
颜色的点或线旁边的图例名称，默认值= 1：长度（legendGroupNames）


参数：legendLTY
line type to print next to legend names, default=NA  
打印传说名称旁边的线路类型，默认值=不适用


参数：legendLWD
width of line to print next to legend names, default=NA
线宽打印传说名称旁边，默认值=不适用


参数：legendTitle
legend title, default=NA
图例标题，默认值=不适用


参数：legendPoints
print points next to legend names, default=TRUE  
打印点旁边的传奇名字，默认= TRUE，


参数：legendLines
print lines next to legend names, default=FALSE
打印线传说名称旁边，默认为FALSE


参数：printPoints
overlay the points on the boxplot, default=TRUE
覆盖的盒形图，默认点= TRUE，


参数：pointChar
symbol or character to plot, default=1  
符号或字符的图，默认值= 1


参数：pointCEX
size of point plotted, default=1  
绘制的点的大小，默认值= 1


参数：pointColor
color of point plotted – can be single value, vector, matrix, or list,  default=1:length(legendGroupNames)  
绘制点颜色 - 可以是单个值，向量，矩阵或列表，默认值= 1：长度（legendGroupNames）


参数：pointJitter
amount to scatter points around group x position, default=.25
周围组的x位置，默认的散射点的金额= 0.25


参数：mainTitle
text for main title, default="Boxplots"  
主标题的文本，默认=“盒形图”


参数：mainTitleCEX
size of main title, default=1  
大小主标题，默认值= 1


参数：mainTitleFont
regular or bold font, default=1
定期或加粗字体，默认= 1


参数：mainTitleLine
margin line on which to print main title - minimum is 0, default=1
上缘线，打印主标题 - 最低为0，默认= 1


参数：testTitleCEX
size of stat test title, default=1
大小的统计测试标题，默认值= 1


参数：testTitleFont
regular or bold font, default=1
定期或加粗字体，默认= 1


参数：testTitleLine
margin line on which to print title - minimum is 0, default=0  
限界线上打印标题 - 最低为0，默认= 0


参数：xlabel
label for X axis, default="X Axis"
为X轴，默认的标签=“X轴”


参数：ylabel
label for Y axis, default="Y Axis"  
为Y轴，默认标签=“Y轴”


参数：xylabelsCEX
size of x and y axes labels, default=1
大小的X和Y轴的标签，默认值= 1


参数：xylabelsFont
regular or bold font for X and Y axes labels, default=1
定期或加粗字体为X和Y轴的标签，默认值= 1


参数：xAxisLabels
labels for ticks on x axis, default=NA
在X轴，默认值=无刻度线标签


参数：xAxisCEX
size of labels on x ticks, default=1
大小的标签，默认值= 1 X上的刻度线


参数：xAxisFont
regular or bold font for x tick labels, default=1  
定期或加粗字体为x刻度标记，默认值= 1


参数：xAxisRotation
horizontal or vertical x tick labels, default=1
水平或垂直x刻度标记，默认值= 1


参数：xMtext
text to place in x-axis margin, default=""
文本放置在x轴的保证金，默认=“”


参数：xMtextCEX
size of text to place in x-axis margin, default=1  
文字的大小，放置在x轴的保证金，默认= 1


参数：xMtextFont
regular or bold font for text in x-axis margin, default=1  
定期或在x轴的保证金，默认为文本加粗字体= 1


参数：xAtMtext
x position for text in x-axis margin, size of y tick labels, default=0  
在x轴的保证金，y的刻度标记的大小，默认值= 0的x位置为文本


参数：yAxisCEX
size of y tick labels, default=1  
y的刻度标记的大小，默认值= 1


参数：yAxisFont
regular or bold font for y axis tick labels, default=1  
定期或加粗字体为y轴的刻度标记，默认值= 1


参数：yAxisRotation
horizontal or vertical y tick labels, default=1
水平或垂直y刻度标记，默认值= 1


参数：plotBoxLWD
line width of box drawn around entire plot, default=1  
行框的宽度周围绘制整个图，默认值= 1


参数：testsRoundDigits
number of digits to report in p-value, default=2  
数字报告p值，默认值= 2


参数：pCEX
size of p-value text, default=1  
大小的P-值的文本，默认= 1


参数：pFont
regular or bold font for p-value text, default=1  
定期或加粗字体为p值的文本，默认= 1


参数：yP
y position for p-value text, default=NA  
y位置为P-值的文本，默认=不适用


参数：pvalueLabel
label to use to precede numerical p-value, default="p"
标签使用之前数值p值，默认值=“P”


参数：betweenGroupTestsCompute
include group comparison p-values in plots, default=TRUE
包括在图组比较P值，默认值= TRUE


参数：pairedGroups
are the groups paired?, default=FALSE
组配对？，默认为FALSE


参数：printNs
include sample sizes on plots, default=TRUE
包括图样本大小，默认= TRUE，


参数：nCEX
size of the sample size text to print, default=1  
样本大小的文字打印的大小，默认值= 1


参数：nFont
regular or bold text for n's, default=1
定期或粗体文字为n的，默认= 1


参数：yN
y position for the sample size text, default=NA
y位置为样本大小的文字，默认=不适用


作者（S）----------Author(s)----------


N. Hawkins, Fred Hutchinson Cancer Research Center, Seattle, WA



参见----------See Also----------

boxplot
boxplot


举例----------Examples----------



# Create Sample dataList[创建样品的DataList]
group1DataFrame = as.data.frame(cbind(1:3,4:6))
group2DataFrame = as.data.frame(cbind(4:6,7:9))
dataList = list(group1DataFrame, group2DataFrame)

# Make the plot[使图]
GroupListBoxplot(dataList, xlabel="Cytokine", ylabel="Percent of CD4 Cells",
   xAxisLabels=c("IFNg","TNFa"), mainTitle="Compare Innate Immune Response",
   legendGroupNames=c("Group 1","Group 2"))

## -- Adults vs. Neonates Data -----------------------------------[＃ - 成人与新生儿数据-----------------------------------]

## Marginal Data boxplot[＃边际数据的盒形图]

# Get the data[获取数据]
data(marginalDF)
marginalDataSubset = subset(marginalDF, stim=="LPS" & concGroup==3 & cell=="mDC")
dataList = makeDataList(marginalDataSubset, "group", 1:5)

# Make the group boxplot of marginal data[使边际数据组的盒形图]
GroupListBoxplot(dataList, xlabel="Cytokine", ylabel="Percent of All Cells",
   xAxisLabels=c("TNFa","IL6","IL12","IFNa","AnyMarker"),
   mainTitle="Stimulation = LPS and Concentration Group = 3 and Cell = mDC",
   legendGroupNames=c("Adults","Neonates"), pointColor=c(2,4), testTitleCEX=.8, nCEX=.8,
   pCEX=.8, legendColor=c(2,4), legendCEX=.7)


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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。