R语言 flowPlots包 computeMarkers-methods()函数中文帮助文档(中英文对照)

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computeMarkers-methods(flowPlots)
computeMarkers-methods()所属R语言包：flowPlots

                                        Method computeMarkers from Class "StackedData"
                                         从类“StackedData”的方法computeMarkers

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function is a method of the StackedData class which computes the markers which  can be stored in the markers data slot of a StackedData object.  The marker matrix should  match the order of the rows in the stacked data file.  The stacked data should be  sorted so that the order of each 'stack' in the file is the same.  This method can  be used to compute a marker matrix.  If that matrix does not match the order of the 'stack',  then the user can generate the marker matrix separately and assign it to the marker the data slot in a StackedData object.
此功能的StackedData类的方法计算，可以存储在一个StackedData对象标记数据槽的标记。标记矩阵应该堆积的数据文件中的行的顺序相匹配。堆叠的数据进行排序，使每个文件中的“栈”的顺序是相同的。这种方法可以用来计算一个标记矩阵。如果该矩阵不匹配“栈”的顺序，然后用户可以生成的标记矩阵分开并分配到的标记的在StackedData对象的数据槽。


用法----------Usage----------


   computeMarkers(markerNames, includeAllNegativeRow)   



参数----------Arguments----------

参数：markerNames
character; vector of the names of the markers
字符;矢量标记名称


参数：includeAllNegativeRow
logical; TRUE, if the stacked data contains the all-negative row of markers;  for example, TNFa-IL6-IL12-IFNa-  
逻辑真，如果堆放的数据中包含的所有标记负排;例如，肿瘤坏死因子-IL6，IL12-IFNa的


值----------Value----------

matrix of 0's and 1's; rows represent marker combinations, cols represent markers.
0和1的矩阵;行代表标记组合，cols的代表标志。


方法----------Methods----------




signature(markerNames = "character", includeAllNegativeRow = "logical") Compute the markers. Include the all negative row if the data includes the all negative case, such as: TNFa-IFNg-IL2-, in this case with 3 markers.
signature(markerNames = "character", includeAllNegativeRow = "logical")计算的标记。如果数据包含的所有负的情况下，如：肿瘤坏死因子-IFNG白单元介素2，在这3个标记的情况下，包括所有负排。


作者（S）----------Author(s)----------


N. Hawkins, Fred Hutchinson Cancer Research Center, Seattle, WA



参见----------See Also----------

StackedData, markers
StackedData，markers


举例----------Examples----------


# Compute the marker data[计算标记数据]
markerNames = c("TNFa","IL6","IL12","IFNa")
markers = computeMarkers(markerNames,includeAllNegativeRow=TRUE)

## If you're using a StackedData object to compute summary data[＃如果你使用StackedData对象计算汇总数据]

# Create a stacked data object[创建一个堆叠的数据对象]
stackedDataObject = new("StackedData")

# Assign the markers to the marker data slot[标记分配标记数据插槽]
markers(stackedDataObject) = markers

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