R语言 flagme包 plotImage()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

plotImage(flagme)
plotImage()所属R语言包：flagme

                                        Plot of images of GCMS data
                                         积GCMS数据图像

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Image plots (i.e. 2D heatmaps) of raw GCMS profile data
GCMS原料配置文件数据的影像图（即2D热图）


用法----------Usage----------


plotImage(object,run=1,rtrange=c(11,13),main=NULL,mzrange=c(50,200),SCALE=log2,...)



参数----------Arguments----------

参数：object
a peaksDataset object
peaksDataset对象


参数：run
index of the run to plot an image for
指数运行的绘制图像


参数：rtrange
vector of length 2 giving start and end of the X-axis (retention time)
长度为2的向量X轴的开始和结束（停留时间）


参数：main
main title (auto-constructed if not specified)
主标题（自动构造如果没有指定）


参数：mzrange
vector of length 2 giving start and end of the Y-axis (mass-to-charge ratio)
长度为2的向量Y轴的开始和结束（质荷比）


参数：SCALE
function called to scale the data (default: log2)
函数调用扩展的数据（默认是：log2）


参数：...
further arguments passed to the image command
传递image命令的进一步参数


Details

详情----------Details----------

For peakDataset objects, each TIC is scale to the maximum value (as specified by the how.near and max.near values).  The many parameters gives considerable flexibility of how the TICs can be visualized.
peakDataset对象，每个议会是规模最大的值（如how.near和max.near值指定）。许多参数如何的TICS可以是可视化提供了相当的灵活性。

For peakAlignment objects, the similarity matrix is plotted and optionally, the set of matching peaks.  clusterAlignment objects are just a collection of all pairwise peakAlignment objects.
peakAlignment对象，相似矩阵绘制和可选的匹配峰组。 clusterAlignment对象是所有成对peakAlignment对象的集合。


作者（S）----------Author(s)----------


Mark Robinson



参考文献----------References----------



参见----------See Also----------

plot, peaksDataset
plot，peaksDataset


举例----------Examples----------


require(gcspikelite)

# paths and files[路径和文件]
gcmsPath<-paste(.find.package("gcspikelite"),"data",sep="/")
cdfFiles<-dir(gcmsPath,"CDF",full=TRUE)
eluFiles<-dir(gcmsPath,"ELU",full=TRUE)

# read data[读取数据]
pd<-peaksDataset(cdfFiles[1],mz=seq(50,550),rtrange=c(7.5,8.5))

# image plot[图像图]
plotImage(pd,run=1,rtrange=c(7.5,8.5),main="")

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