R语言 flagme包 normDotProduct()函数中文帮助文档(中英文对照)

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normDotProduct(flagme)
normDotProduct()所属R语言包：flagme

                                        Normalized Dot Product
                                         归一化积

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function calculates the similarity of all pairs of peaks from 2 samples, using the spectra similarity
此函数计算所有对2个样本峰的相似性，利用光谱相似


用法----------Usage----------


normDotProduct(x1,x2,t1=NULL,t2=NULL,df=max(ncol(x1),ncol(x2)),D=100000,timedf=NULL,verbose=FALSE)



参数----------Arguments----------

参数：x1
data matrix for sample 1
数据矩阵样品1


参数：x2
data matrix for sample 2
数据矩阵样品2


参数：t1
vector of retention times for sample 1
样品1为向量的保留时间


参数：t2
vector of retention times for sample 2
样品2为向量的保留时间


参数：df
distance from diagonal to calculate similarity
从对角线的距离来计算相似


参数：D
retention time penalty
保留时间的惩罚


参数：timedf
matrix of time differences to normalize to.  if NULL, 0 is used.
矩阵的时间差异标准化。如果NULL，则使用0。


参数：verbose
logical, whether to print out information
逻辑，无论是打印出来的信息


Details

详情----------Details----------

Efficiently computes the normalized dot product between every pair of peak vectors and returns a similarity matrix.  C code is called.
有效计算之间的每高峰向量对归点的产品，并返回一个相似矩阵。被称为C代码。


值----------Value----------

matrix of similarities
相似的矩阵


作者（S）----------Author(s)----------


Mark Robinson



参考文献----------References----------

PhD dissertation University of Melbourne.

参见----------See Also----------

dp, peaksAlignment
dp，peaksAlignment


举例----------Examples----------


require(gcspikelite)

# paths and files[路径和文件]
gcmsPath<-paste(.find.package("gcspikelite"),"data",sep="/")
cdfFiles<-dir(gcmsPath,"CDF",full=TRUE)
eluFiles<-dir(gcmsPath,"ELU",full=TRUE)

# read data, peak detection results[读取数据，峰值检测结果]
pd<-peaksDataset(cdfFiles[1:2],mz=seq(50,550),rtrange=c(7.5,8.5))
pd<-addAMDISPeaks(pd,eluFiles[1:2])

r<-normDotProduct(pd@peaksdata[[1]],pd@peaksdata[[2]])

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