R语言 farms包 generateExprVal.method.farms()函数中文帮助文档(中英文对照)

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generateExprVal.method.farms(farms)
generateExprVal.method.farms()所属R语言包：farms

                                        Generate an expression value from the probes informations
                                         从探针的信息生成表达式的值

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Generate an expression from the probe
从探针产生一个表达式


用法----------Usage----------


          generateExprVal.method.farms(probes, weight, mu,  cyc, tol, weighted.mean, robust, minNoise, correction, laplacian, centering, ...)



参数----------Arguments----------

参数：probes
a matrix of probe intesities with rows representing probes and columns representing samples. Usually pm(probeset) where probeset is a of class ProbeSet
与代表占样本的探针和列的行矩阵探针intesities。一般pm(probeset)其中probeset是一类ProbeSet


参数：weight
Hyperparameter value in the range of [0,1]  which determines the influence of the prior. The default value is 0.5   
hyperparameter值在[0,1]决定之前影响的范围内。默认值是0.5


参数：mu
Hyperparameter value  which allows to quantify different aspects of  potential prior knowledge. A value near zero assumes that most genes do not contain a signal, and introduces a bias for loading matrix elements near zero. Default value is 0
hyperparameter值可以量化潜在的先验知识的不同方面。值接近零假设大多数基因不包含信号，并引入了装载接近零的矩阵元素的偏见。默认值是0


参数：cyc
Value which determinates the maximum numbers of EM-Steps. Default value is set to number of arrays/2
其中价值因素研究的最大数量的EM步骤。默认值设置阵列数/ 2


参数：tol
Value which determinates the termination tolerance. Convergence threshold is set to 1E-05.
决定因子的终止宽容的价值。收敛阈值设置为1E-05。


参数：weighted.mean
Boolean flag, that indicates wether a weighted mean or a least square fit is used to summarize the loading matrix. The default value is set to TRUE .
布尔标志，表明阉羊加权平均或最小二乘合适用来总结载荷矩阵。默认值设置为TRUE。


参数：robust
Boolean flag, that ensures non-constant results. Default value is TRUE.
布尔标志，以确保非恒定的结果。默认值是TRUE。


参数：minNoise
Value, minimal noise assumption. Default value is 0.0001.
值，噪音极小的假设。默认值是0.0001。


参数：correction
Value that indicates whether the covariance matrix should be corrected for negative eigenvalues  which might emerge from the non-negative correlation constraints or not. Default = O  (means that no correction is done),  1 (minimal noise (0.0001) is added to the diagonal elements of the covariance matrix to force positive definiteness),  2 (Maximum Likelihood solution to compute the nearest positive definite matrix under the given non-negative correlation constraints of the covariance matrix)
值，指示是否应为负的特征值可能出现的非负相关的限制或不纠正的协方差矩阵。默认= O的（指不改正的，做的），1（噪音极小（0.0001）被添加到迫使正定协方差矩阵对角线元素），2（最大似然的解决方案，计算最近在给定的正定矩阵协方差矩阵的非负相关的限制）


参数：laplacian
Boolean flag, indicates whether a Laplacian prior for the factor is employed or not. Default value is FALSE.
布尔标志，表示前一个因素的拉普拉斯算子是否被雇用或不。默认值为FALSE。


参数：centering
Indicates whether the data is "median" or "mean"  centered. Default value is "median".
指示数据是否是“中位数”或“的意思是”为中心。默认值是“中位数”。


参数：...
extra arguments to pass to the respective function
额外的参数传递给各自的功能


值----------Value----------

A list containing entries:
一个包含条目的列表：


参数：exprs
The expression values.
表达式的值。


参数：se.exprs
Estimate of the hidden variable.
隐藏变量的估计。


参见----------See Also----------

generateExprSet-methods,generateExprVal.method.playerout,li.wong, medianpolish
generateExprSet-methods，generateExprVal.method.playerout，li.wong，medianpolish


举例----------Examples----------



library(affy)
data(SpikeIn) ##SpikeIn is a ProbeSets[＃SpikeIn是1 ProbeSets]
probes <- pm(SpikeIn)

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