R语言 factDesign包 findFC()函数中文帮助文档(中英文对照)

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findFC(factDesign)
findFC()所属R语言包：factDesign

                                        A function to find the fold change between two experimental conditions in a factorial experiment based on the linear model parameter estimates.
                                         函数找到两因子实验为基础的线性模型参数估计的实验条件下的fold change。

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

'findFC' constructs a point estimate of fold change using the linear model coefficients in an lm object.
“findFC”构造的fold change的使用在LM对象的线性模型系数的点估计。


用法----------Usage----------


findFC(model, lambdaNum, lambdaDenom, logbase=NULL)



参数----------Arguments----------

参数：model
An lm object.
一个LM对象。


参数：lambdaNum
A numeric vector of coefficients for the parameters to be used in the numerator of the fold change estimate.
一个数值向量系数为参数，将使用中的fold change估计的分子。


参数：lambdaDenom
A numeric vector of coefficients for the parameters to be used in the denominator of the fold change estimate.
数值向量的系数为分母的fold change估计要在使用的参数。


参数：logbase
By default, set to NULL.  For log-transformed data, the base of the logarithm.  Specify "exp" for natural log-transformed data.
默认情况下，设置为NULL。对于数转换的数据，对数的底数。 “EXP”指定为自然数转换的数据。


Details

详情----------Details----------

logbase=NULL if the data have not been log-transformed.  The fold change estimate is calculated as the ratio for the parameter estimates corresponding to the experimental conditions of interest.
logbase= NULL，如果数据没有被记录转化。倍估计计算的比例为参数估计相应的实验条件下的利益。

logbase="exp" if the data have been natural log-transformed.  The fold change is calculated as the difference in the parameter estimates for the two conditions of interest, then exponentiated using exp().
logbase=“EXP”如果数据已经自然数转换。倍计算感兴趣的两个条件，然后exponentiated用exp（）的参数估计中的差异。

logbase can be set to any number, for example 2, for other log transforms.  The fold change is calculated as the difference in the parameter estimates for the two conditions of interest, then exponentiated with logbase as the base.
logbase可以设置为任何数字，例如2，其他log转换。褶皱的变化是在利益这两个条件的参数估计的差异计算，然后exponentiated的logbase为基数。


值----------Value----------

A point estimate of the fold change between the experimental conditions specified in the lambdaNum and lambdaDenom vectors.
倍之间在lambdaNum和lambdaDenom向量指定的实验条件变化的一个点估计。


作者（S）----------Author(s)----------


Denise Scholtens



参见----------See Also----------

par2lambda
par2lambda


举例----------Examples----------



data(estrogen)
ES <- pData(estrogen)[["ES"]]
TIME <- pData(estrogen)[["TIME"]]   
fit <- lm(exprs(estrogen)["33744_at",] ~ ES + TIME + ES*TIME)
betaNames <- names(coef(fit))
betas <- list(c("(Intercept)","ESP","TIME48h","ESP:TIME48h"),
                                        c("(Intercept)","ESP"))
coefs <- list(c(1,1,1,1),c(1,1))
lambda <- par2lambda(betaNames,betas,coefs)
findFC(fit,lambda[1,],lambda[2,],logbase=2)


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