R语言 eisa包 ISA-Biclust conversion()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

ISA-Biclust conversion(eisa)
ISA-Biclust conversion()所属R语言包：eisa

                                        Convert ISA modules to a Biclust object, or the opposite
                                         转换的ISA模块到Biclust对象，或者相反

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

The biclust package implements several biclustering algorithms in a unified framework. The result of the biclustering is a Biclust object. These functions allow the conversion between Biclust and ISAModules objects.
biclust包实现了几个双聚类算法，在一个统一的框架。双分群结果是Biclust对象。这些功能允许Biclust和ISAModules对象之间的转换。


用法----------Usage----------


annotate(biclusters, data)



参数----------Arguments----------

参数：biclusters
A Biclust object.
一个Biclust对象。


参数：data
An ExpressionSet object.
ExpressionSet对象。


Details

详情----------Details----------

To convert an ISAModules object (mods) to a Biclust object (bc), you can do:
转换ISAModules对象（mods）的一个Biclust对象（bc），你可以这样做：


值----------Value----------

annotate returns a Biclust object.
annotate返回Biclust对象。


作者（S）----------Author(s)----------


Gabor Csardi <a href="mailto:Gabor.Csardi@unil.ch">Gabor.Csardi@unil.ch</a>



参考文献----------References----------

analysis of large-scale gene expression data Phys Rev E Stat Nonlin Soft Matter Phys. 2003 Mar;67(3 Pt 1):031902. Epub 2003 Mar 11.
and Friedrich Leisch. (2009). biclust: BiCluster Algorithms. R package version 0.8.1. http://CRAN.R-project.org/package=biclust  

举例----------Examples----------


if (require(biclust)) {

  library(ALL)
  data(ALL)
  ALL.filtered <- ALL[sample(1:nrow(ALL), 1000),]

  # Biclust -&gt; ISAModules[biclust  - > ISAModules]
  set.seed(1)
  Bc <- biclust(exprs(ALL.filtered), BCPlaid(),
                fit.model = ~m + a + b, verbose = FALSE)
  Bc <- annotate(Bc, ALL.filtered)
  modules <- as(Bc, "ISAModules")
  Bc
  modules
  getNoFeatures(modules)
  getNoSamples(modules)

  # ISAModules -&gt; Biclust[ISAModules  - > Biclust]
  data(ALLModulesSmall)
  Bc2 <- as(ALLModulesSmall, "Biclust")
  ALLModulesSmall
  getNoFeatures(ALLModulesSmall)
  getNoSamples(ALLModulesSmall)
  Bc2

}

转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。


注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。