gograph(eisa)
gograph()所属R语言包：eisa
Plot part of the Gene Ontology hierarchy
基因本体论层次的图的一部分
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
These functions help creating a plot of the Gene Ontology
这些功能有助于创造一个基因本体论的图
用法----------Usage----------
gograph (table, colbar.length = 30, label.cex = 1, alpha=1, abbrev=5,
GOGRAPHS = NULL, go.terms = NULL)
gographPlot (graph, coords = FALSE, ...)
参数----------Arguments----------
参数：table
A data frame with one column, containing the p-values of the enriched GO terms. The row names of the data frame should contain the GO ids.
与一列的数据框，包含p丰富的GO术语值。该行的数据框的名称应包含的GO IDS。
参数：colbar.length
Numeric scalar, the length of the color bar.
数字标，彩条的长度。
参数：label.cex
Numeric scalar, factor for the label sizes, e.g. "2" means double size compared to the default.
数字标，标签的大小，例如因子2意味着双重的大小比默认。
参数：alpha
Alpha channel for the fill color of the vertices.
Alpha通道的顶点填充颜色。
参数：abbrev
Numeric scalar, the minimum length for the abbreviated GO ids.
数字标量，略好IDS的最小长度。
参数：GOGRAPHS,go.terms
These are for internal use only.
这是仅供内部使用。
参数：graph
An igraph graph, as returned by the gograph function.
igraph图gograph函数返回。
参数：coords
Logical scalar, whether to return the coordinates of the vertices on the plot.
逻辑标量，是否返回在图上的顶点的坐标。
参数：...
Additional arguments. These are passed to plot.igraph.
额外的参数。这些都是传递plot.igraph的。
Details
详情----------Details----------
A GO plot can be created in two steps. gograph creates an igraph graph object that contains all the information about the plot; gographPlot creates the actual plot.
可以在两个步骤创建一个GO图。 gograph创建一个igraph图形对象包含了所有的图有关信息;gographPlot创建实际的图。
The two steps are needed, because gograph calculates the optimal size of the plot, and then a graphics device of this size can be created before calling gographPlot.
这两个步骤是必要的，因为gograph计算最佳大小的图，然后可以创建之前调用gographPlot这种规模的图形设备。
The optimal size is returned by gograph in the width and height graph attributes, these can be queried with
gographwidth和height图的属性，这些可以查询返回的最优规模
值----------Value----------
gograph returns an igraph object.
gograph返回igraph对象。
gographPlot by default returns NULL, invisibly. If the coords argument is TRUE, then it returns the coordinates of the vertices on the plot.
gographPlot默认情况下，回报NULL，无形之中。如果coords参数是TRUE，然后返回在图上的顶点的坐标。
作者（S）----------Author(s)----------
Gabor Csardi <a href="mailto:Gabor.Csardi@unil.ch">Gabor.Csardi@unil.ch</a>
参考文献----------References----------
of biology. Nat. Genet. May 2000;25(1):25-9.
analysis of large-scale gene expression data Phys Rev E Stat Nonlin Soft Matter Phys. 2003 Mar;67(3 Pt 1):031902. Epub 2003 Mar 11.
参见----------See Also----------
The igraph package for more about igraph graphs.
igraph包igraph图。
举例----------Examples----------
data(ALLModulesSmall)
GO <- ISAGO(ALLModulesSmall)
gotab <- summary(GO$BP)[[1]][,"Pvalue",drop=FALSE]
G <- gograph(gotab)
if (interactive()) {
x11(width=G$width/15, height=G$height/15)
gographPlot(G)
}
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发表于 2012-2-25 17:12:53
