expPlot(eisa)
expPlot()所属R语言包：eisa
Expression matrix plots for ISA modules
为ISA模块表达矩阵图
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
These functions create an expression matrix plot for an ISA
这些功能创建一个ISA表达矩阵图
用法----------Usage----------
expPlotCreate (eset, modules, which, norm = c("sample", "raw", "feature"))
expPlot (epo, scores = TRUE)
expPlotColbar (epo)
参数----------Arguments----------
参数：eset
An ExpressionSet or ISAExpressionSet object. If an ExpressionSet object is supplied (and the norm argument is not set to "raw"), then it is normalised by calling ISANormalize on it. A subset of eset is selected that corresponds to the features included in modules.
ExpressionSet或ISAExpressionSet对象。如果ExpressionSet对象提供（和norm参数没有被设置为“原始”），然后调用ISANormalize标准化。被选中对应的功能包括在esetmodules的一个子集。
参数：norm
Character constant, specifies whether and how to normalize the expression values to plot. "raw" plots the raw expression values, "feature" the expression values scaled and centered for each feature (=gene) separately and if "sample" is specified then the expression values are centered and scaled separately for each sample.
字符常量，指定是否以及如何标准化的表达式的值来绘制。 “原始”图的原始表达式的值，功能的表达式的值缩放，并为每个功能（基因）分别和“样本”，然后指定表达式的值集中，并调整每个样品分别为中心。
参数：modules
An ISAModules object.
ISAModules对象。
参数：which
Numeric scalar, which module to plot.
数字标量，哪个模块进行绘图。
参数：scores
Logical scalar, whether to plot the scores as well.
逻辑标量，是否以及绘制的分数。
参数：epo
An object returned by expPlotCreate.
expPlotCreate返回的对象。
Details
详情----------Details----------
expPlotCreate creates an object that contains all data for performing the image plot and returns it. The reason for not plotting it directly is, that the size of the plot is usually different in different cases, and the opening of the graphics device is delayed until expPlotCreate returns.
expPlotCreate创建一个对象，它包含执行影像图的所有数据，并返回它。没有直接绘制它的原因是，该图的大小通常是在不同情况下的不同，以及开放的图形设备，直到expPlotCreate回报延迟。
In the returned object, the weight and height entries give the optimal size of the image, in pixels.
在返回的对象，weight和height条目提供最佳的图像大小，以像素为单位。
expPlot creates the expression plot.
expPlot创建的表达图。
expPlotColbar plots a color bar for the expression plot.
expPlotColbar图为表达图的彩条。
值----------Value----------
expPlotCreate returns an ISAexpPlot object. It is a named list and has several entries, the important ones:
expPlotCreate返回ISAexpPlot对象。这是一个命名的列表，并有多个条目，最重要的：
参数：width
Numeric scalar, the optimal width of the plot.
数字标量，该图的最佳宽度。
参数：height
Numeric scalar, the optimal height of the plot.
数字标量，图的最佳高度。
expPlot returns, invisibly, a named list with members:
expPlot回报，无形之中，命名为成员的名单：
参数：coords
A list with two entries: x and y, both numeric vectors of length two. They give the position of the actual expression matrix on the plot.
两个项目的名单：x和y，长度为二的两个数字向量。他们给图的实际表达矩阵的位置。
参数：gene.width
Numeric scalar, the width of one box on the image plot, in pixels; if the image size is exactly the suggested one.
数字标量，影像图上的一个盒子的宽度，以像素为单位，如果图像的大小是完全建议。
参数：cond.height
Numeric scalar, the height of one box on the image plot, in pixels; if the image size is exactly the suggested one.
数字标量，影像图上的一个盒子的高度，以像素为单位，如果图像的大小是完全建议。
expPlotColbar returns NULL, invisibly.
expPlotColbarNULL，无形中返回。
作者（S）----------Author(s)----------
Gabor Csardi <a href="mailto:Gabor.Csardi@unil.ch">Gabor.Csardi@unil.ch</a>
参考文献----------References----------
analysis of large-scale gene expression data Phys Rev E Stat Nonlin Soft Matter Phys. 2003 Mar;67(3 Pt 1):031902. Epub 2003 Mar 11.
参见----------See Also----------
The vignette in the eisa package for other ISA visualizations. The ExpressionView package for an interactive
eisa其他ISA可视化的包中的小插曲。 ExpressionView包为一个交互式
举例----------Examples----------
data(ALLModulesSmall)
library(ALL)
data(ALL)
ep <- expPlotCreate(ALL, ALLModulesSmall, 1)
ep
if (interactive()) {
expPlot(ep)
}
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发表于 2012-2-25 17:12:47
