R语言 dualKS包 KS()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

KS(dualKS)
KS()所属R语言包：dualKS

                                         Calculate Kolmogorov Smirnov rank sum scores.
                                         计算柯尔莫哥洛夫斯米尔诺夫排名总和分数。

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function calculates the degree to which a subset of genes (i.e.  a "signature") is biased in the ordered list of all genes.  The  function is typically used internally by dksClassify,  but the user may want to call it directly to inspect the running  sums.
此函数计算的基因子集（即一个“签名”）是在所有基因的有序列表的偏见的程度。该功能通常用于内部dksClassify，但用户可能要直接调用它来检查正在运行的款项。


用法----------Usage----------


KS(data, geneset, decreasing=TRUE, method="kort")



参数----------Arguments----------

参数：data
A vector of gene expression data.  The data need not  be sorted, as the function will sort it itself.
一个基因表达数据的向量。数据不必进行排序，作为功能将排序它本身。


参数：geneset
A DKSGeneSet object, such as one of  the slots of the DKSClassifier returned by  link{dksClassify}.
一个DKSGeneSet对象，如的DKSClassifier插槽之一，link{dksClassify}返回。


参数：decreasing
Indicates which way data should be sorted.  If TRUE, the degree of upregulation will be scored.  If FALSE,  the degree of down regulation will be scored.
表示方式data应排序。如果是TRUE，一定程度的上调将得分。如果为FALSE，下调程度进行评分。


参数：method
Two methods are supported.  The 'kort' method returns  the maximum of the running sum.  The 'yang' method  returns the sum of the maximum and the minimum of the  running sum, thereby penalizing classes that are highly enriched in a subset of genes of a given signature, but highly  down regulated in another subset of that same signature.
两种方法都支持。 KORT“方法返回的运行总和的最大值。 “阳”的方法返回的最大和最低的运行总和的总和，从而惩罚高度浓缩在一个给定的签名基因的一个子集，但高度下降，在相同签名的另一个子集规定的类。


值----------Value----------


参数：runningSums
A matrix with 1 row per gene and 1 column per  signature. The value is the running sum of the KS metric  at each point along the sorted list of genes.  The maximum  of this column vector corresponds to the KS score for the  corresponding signature.
与基因和签名，每1列1行，每矩阵。该值是运行的KS度量在沿线各点的基因排序列表的总和。此列向量最大的KS得分对应相应的签名。


参数：ksScores
A named vector giving the KS score for each signature.
命名为向量给每个签名的KS得分。


作者（S）----------Author(s)----------


Eric J. Kort, Yarong Yang



参见----------See Also----------

dksTrain, dksSelectGenes, dksClassify, DKSGeneScores, DKSPredicted,
dksTrain，dksSelectGenes，dksClassify，DKSGeneScores，DKSPredicted


举例----------Examples----------



        data("dks")
        tr <- dksTrain(eset, 1, "both")
        cl <- dksSelectGenes(tr, 100)
        sc <- KS(exprs(eset)[,1], cl@genes.up)
        plot(sc$runningSums[,1], type='l')

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