R语言 dualKS包 dksClassify()函数中文帮助文档(中英文对照)

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dksClassify(dualKS)
dksClassify()所属R语言包：dualKS

                                         Predict classes for gene expression sets.
                                         预测类基因表达套。

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Kolmogorov-Smirnov rank sum scoring will be used to assign  one or more samples to one of two or more classes based on  previously defined gene signatures (see dksTrain).
柯尔莫哥洛夫 - 斯米尔诺夫排名总和得分将用于指定一个或多个样品，根据先前定义的基因签名的两个或多个类（见dksTrain）。


用法----------Usage----------


dksClassify(eset, classifier, rescale=FALSE, method="kort")



参数----------Arguments----------

参数：eset
An ExpressionSet or matrix containing the gene  expression data for the samples to be classified.
ExpressionSet或matrix含有被归类的样本的基因表达数据。


参数：classifier
An DKSClassifier produced by  dksSelectGenes describing the gene expression  signature for each class.
DKSClassifier生产dksSelectGenes描述每个类基因表达的签名。


参数：rescale
If TRUE, scores for each class will be mean centered  and normalized to remove arbitrary differences in scale and baseline  value between signatures for different classes.
如果是TRUE，为每个班级的成绩将意味着中心和标准化，消除在任意规模和基线签名之间的价值差异，针对不同类。


参数：method
Two methods are supported.  The 'kort' method returns  the maximum of the running sum.  The 'yang' method  returns the sum of the maximum and the minimum of the  running sum, thereby penalizing classes that are highly enriched in a subset of genes of a given signature, but highly  down regulated in another subset of that same signature.
两种方法都支持。 KORT“方法返回的运行总和的最大值。 “阳”的方法返回的最大和最低的运行总和的总和，从而惩罚高度浓缩在一个给定的签名基因的一个子集，但高度下降，在相同签名的另一个子集规定的类。


值----------Value----------

An object of class DKSPredicted containing the  class to which each sample in the eset was assigned as  well as other information.  This object has its own summary  and show functions useful for displaying this information  in a user friendly format.
DKSPredicted含有类一个类的对象，每个样品eset被分配以及其他信息。这个对象有其自己的summary和show在一个用户友好的格式显示这些信息非常有用功能。


作者（S）----------Author(s)----------


Eric J. Kort, Yarong Yang



参见----------See Also----------

dksTrain, dksSelectGenes, dksClassify, DKSGeneScores, DKSPredicted,
dksTrain，dksSelectGenes，dksClassify，DKSGeneScores，DKSPredicted


举例----------Examples----------



        data("dks")
        tr <- dksTrain(eset, 1, "up")
        cl <- dksSelectGenes(tr, 100)
        pr <- dksClassify(eset, cl,rescale=FALSE)
        summary(pr, pData(eset)[,1])
        show(pr)
        plot(pr, actual=pData(eset)[,1])       

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